42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0027 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0036  tRNA-Cys  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601784  normal  0.0254396 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0027  tRNA-Cys  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.258268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0040  tRNA-Cys  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.29176  normal  0.285834 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14870  tRNA-Cys  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.688505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0045  tRNA-Cys  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0036  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0037  tRNA-Cys  91.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0501912  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0016  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0855316  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0015  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.414864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0019  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0015  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0045  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.34247  normal  0.204665 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14033  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0022  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0020  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  90.91 
 
 		 462 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0026  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.619128 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0040  tRNA-Cys  90.48 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00117723  hitchhiker  0.00882366 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13880  tRNA-Cys  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0819816  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0025  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398428 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10760  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0456446  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0013  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476816  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0013  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0002  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0039  tRNA-Cys  87.23 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00256025  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0042  tRNA-Cys  87.23 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000509201  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0039  tRNA-Cys  87.23 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000510746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0042  tRNA-Cys  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0178543  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0045  tRNA-Cys  87.23 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0629972  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>