77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0008 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  89.39 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  85.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0015  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1914  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0016  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875274  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0016  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.367308  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0135574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.104263  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000473356  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0010  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.870532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000833602  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0036  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.121176  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0052  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.495975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310916  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5712  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.449499  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5657  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000573989  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000756645  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5799  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000210978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0123  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.873208  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000139258  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0292  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000690244  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5014  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0231487  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5664  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000954474  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0119  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0232  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00209644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5052  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000183863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0270  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4983  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000240957  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>