220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0264 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0264  50S ribosomal protein L29  100 
 
 		 69 aa  134  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.454424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0211  50S ribosomal protein L29  93.85 
 
 		 67 aa  120  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.22249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0399  50S ribosomal protein L29  80.88 
 
 		 65 aa  104  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0281  50S ribosomal protein L29  79.41 
 
 		 65 aa  103  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000262471  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0286  50S ribosomal protein L29  79.41 
 
 		 65 aa  103  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.676877  hitchhiker  0.0000000263435 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3787  50S ribosomal protein L29  87.93 
 
 		 68 aa  103  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0936197  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0346  50S ribosomal protein L29  79.41 
 
 		 65 aa  102  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.767822  decreased coverage  0.000256062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4905  ribosomal protein L29  78.33 
 
 		 83 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0499084  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1272  50S ribosomal protein L29  79.31 
 
 		 64 aa  95.1  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0366633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3435  50S ribosomal protein L29  72.31 
 
 		 66 aa  88.6  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.041073  normal  0.188661 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3991  50S ribosomal protein L29  66.15 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000636565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3011  50S ribosomal protein L29  67.24 
 
 		 64 aa  80.1  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000636591  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2942  50S ribosomal protein L29  65.52 
 
 		 64 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000229225  hitchhiker  0.00000342543 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3289  50S ribosomal protein L29  65.52 
 
 		 64 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000215489  hitchhiker  0.00000182798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2832  50S ribosomal protein L29  61.67 
 
 		 65 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000129889  normal  0.463435 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3171  50S ribosomal protein L29  62.07 
 
 		 64 aa  72  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000183391  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3309  50S ribosomal protein L29  62.07 
 
 		 64 aa  72  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000526811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0322  50S ribosomal protein L29  62.07 
 
 		 64 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137645  decreased coverage  0.00229804 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3636  50S ribosomal protein L29  62.07 
 
 		 64 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000030517  decreased coverage  0.00000000000115697 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2624  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.319258  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3768  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000105209  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3060  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000156067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3161  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000176836  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1932  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000362681  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3738  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000269759  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3796  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3486  50S ribosomal protein L29  60.34 
 
 		 64 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000914257  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0284  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000204837  normal  0.0231887 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3455  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000252439  decreased coverage  0.00364799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0335  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000122941  normal  0.019257 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2751  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000361638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0275  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000476905  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0356  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000200225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0257  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00213265  normal  0.0167068 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0061  50S ribosomal protein L29  55 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000925239  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0058  50S ribosomal protein L29  55.17 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000783638  hitchhiker  2.2701500000000002e-18 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3330  50S ribosomal protein L29  58.62 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000258995  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0466  50S ribosomal protein L29  51.72 
 
 		 65 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2364  ribosomal protein L29  48.33 
 
 		 65 aa  57.4  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.649847  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0287  50S ribosomal protein L29P  50 
 
 		 69 aa  57  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000866901  hitchhiker  0.00000164935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0327  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 64 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.65874e-22  unclonable  0.0000000398692 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0413  50S ribosomal protein L29P  54.55 
 
 		 64 aa  56.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000118105  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0775  ribosomal protein L29  54.24 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000265705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0178  50S ribosomal protein L29  53.57 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0766  50S ribosomal protein L29  46.55 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001734  LSU ribosomal protein L29p (L35e)  50 
 
 		 63 aa  55.1  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0204  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4048  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000921137  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0156  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000636656  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0208  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000719733  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4162  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240623  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0303  ribosomal protein L29  42.62 
 
 		 62 aa  53.5  0.0000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00299137  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0727  ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  53.5  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000905771  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0239  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1724  50S ribosomal protein L29  46.67 
 
 		 68 aa  52.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0207  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0202  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000242804  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0207  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0369  50S ribosomal protein L29  46.67 
 
 		 68 aa  52.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3751  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2452  50S ribosomal protein L29  47.62 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.206737 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  49.09 
 
 		 66 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0413  ribosomal protein L29  48.28 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0200811  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0331  ribosomal protein L29  48.28 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000705173  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0166  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300233  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2316  ribosomal protein L29  50 
 
 		 66 aa  51.2  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000905483  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0855  50S ribosomal protein L29P  43.33 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000025985  hitchhiker  0.000476718 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1277  ribosomal protein L29  47.27 
 
 		 63 aa  51.6  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  49.09 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0331  ribosomal protein L29  45.9 
 
 		 65 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000295668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3440  50S ribosomal protein L29  57.69 
 
 		 68 aa  50.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696272  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4268  ribosomal protein L29  48.28 
 
 		 63 aa  51.2  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000037065  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4682  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  50.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000146545  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4309  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  50.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000213718  unclonable  0.0000000000409482 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1348  ribosomal protein L29  43.33 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1553  50S ribosomal protein L29  44.78 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3993  ribosomal protein L29  46.55 
 
 		 63 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000756359  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2147  50S ribosomal protein L29P  48.21 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.018623  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  47.27 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3814  ribosomal protein L29  46.55 
 
 		 63 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000290872  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2161  ribosomal protein L29  44.83 
 
 		 63 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00367086  normal  0.161231 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0119  50S ribosomal protein L29  41.79 
 
 		 68 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.217136  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0192  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000996098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2166  50S ribosomal protein L29  51.72 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149227  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0113  50S ribosomal protein L29  41.38 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000302541  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0067  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  48.5  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0328  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000164942  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0764  50S ribosomal protein L29  45.45 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000255511  normal  0.10736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1372  50S ribosomal protein L29  43.28 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232248  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0599  50S ribosomal protein L29  49.06 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0429  50S ribosomal protein L29P  50 
 
 		 63 aa  48.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.164508  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1757  50S ribosomal protein L29  48.28 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.171638  normal  0.386752 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00738  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  48.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5132  ribosomal protein L29  47.62 
 
 		 83 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.76527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0492  50S ribosomal protein L29  43.33 
 
 		 64 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.27234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08930  50S ribosomal protein L29  44.83 
 
 		 63 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0335078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0845  50S ribosomal protein L29  44.83 
 
 		 63 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.318231  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4741  50S ribosomal protein L29  43.33 
 
 		 64 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0297311  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>