More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1931 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1931  C32 tRNA thiolase  100 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1512  C32 tRNA thiolase  83.1 
 
 		 293 aa  494  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.8984 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1945  C32 tRNA thiolase  87.81 
 
 		 290 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104591  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2154  C32 tRNA thiolase  86.88 
 
 		 289 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.929331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1271  C32 tRNA thiolase  74.05 
 
 		 284 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.051738  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0825  C32 tRNA thiolase  76.92 
 
 		 278 aa  419  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.10895  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2394  C32 tRNA thiolase  74.91 
 
 		 292 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0831  C32 tRNA thiolase  75.63 
 
 		 293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0824  hypothetical protein  75.63 
 
 		 293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.954938  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2871  C32 tRNA thiolase  68.15 
 
 		 292 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.77837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1062  C32 tRNA thiolase  66.67 
 
 		 292 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2723  C32 tRNA thiolase  66.67 
 
 		 292 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0610151 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0330  C32 tRNA thiolase  68.4 
 
 		 287 aa  392  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0875  C32 tRNA thiolase  66.67 
 
 		 297 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.266881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0309  C32 tRNA thiolase  66.67 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02065  C32 tRNA thiolase  53.28 
 
 		 317 aa  303  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00588797  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0875  PP-loop  55.12 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00139883  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0068  C32 tRNA thiolase  55.08 
 
 		 315 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0509  C32 tRNA thiolase  56.4 
 
 		 298 aa  292  5e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.252102  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  54.76 
 
 		 302 aa  292  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0060  C32 tRNA thiolase  55.08 
 
 		 315 aa  291  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.867348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0227  C32 tRNA thiolase  54.09 
 
 		 312 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.384347  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  51.04 
 
 		 336 aa  289  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  54.3 
 
 		 274 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  54.3 
 
 		 274 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0175  C32 tRNA thiolase  55.08 
 
 		 312 aa  288  7e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.186206 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  52.55 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1738  C32 tRNA thiolase  54.12 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1773  C32 tRNA thiolase  53.73 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0815  PP-loop  49.48 
 
 		 338 aa  286  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  54.09 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  53.33 
 
 		 311 aa  286  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2962  C32 tRNA thiolase  53.91 
 
 		 274 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.828296  normal  0.0229557 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1596  ATPase  55.6 
 
 		 302 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.612685  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0290  C32 tRNA thiolase  53.44 
 
 		 331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  49.48 
 
 		 340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0494  C32 tRNA thiolase  53.36 
 
 		 317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0548366 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33230  C32 tRNA thiolase  53.91 
 
 		 274 aa  285  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259091  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0505  PP-loop domain protein  53.36 
 
 		 317 aa  286  4e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  51.62 
 
 		 336 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  50 
 
 		 334 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1993  C32 tRNA thiolase  53.36 
 
 		 302 aa  285  7e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3381  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000151455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2039  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.605016  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0519  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2245  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1896  C32 tRNA thiolase  57.09 
 
 		 289 aa  285  7e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3054  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.31194  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0340  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0327  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2598  C32 tRNA thiolase  52.55 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0228  C32 tRNA thiolase  52.33 
 
 		 303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  49.83 
 
 		 331 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2892  C32 tRNA thiolase  53.05 
 
 		 336 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588342 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1708  PP-loop domain protein  53.36 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1778  C32 tRNA thiolase  50.97 
 
 		 311 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446502  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01321  predicted C32 tRNA thiolase  51.56 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01331  hypothetical protein  51.56 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1558  C32 tRNA thiolase  50.97 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1461  C32 tRNA thiolase  50.97 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1993  C32 tRNA thiolase  50.97 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.800343 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2281  C32 tRNA thiolase  50.97 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.787518  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2299  PP-loop domain protein  51.56 
 
 		 311 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00162169  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2230  PP-loop domain-containing protein  52.16 
 
 		 279 aa  282  5.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.259403  normal  0.653141 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1463  PP-loop domain-containing protein  53.57 
 
 		 316 aa  281  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1837  C32 tRNA thiolase  51.17 
 
 		 311 aa  281  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.555568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1774  C32 tRNA thiolase  51.17 
 
 		 311 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1681  C32 tRNA thiolase  51.17 
 
 		 311 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.0209698 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  51.15 
 
 		 331 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  51.15 
 
 		 326 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1499  C32 tRNA thiolase  51.17 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1589  C32 tRNA thiolase  51.56 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0101  C32 tRNA thiolase  55.12 
 
 		 326 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1777  C32 tRNA thiolase  51.17 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101816 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  51.15 
 
 		 331 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  52.16 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4143  C32 tRNA thiolase  51.74 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1405  C32 tRNA thiolase  53.12 
 
 		 274 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.237455 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  50.98 
 
 		 311 aa  280  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1661  C32 tRNA thiolase  53.41 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  51.37 
 
 		 319 aa  279  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0863  C32 tRNA thiolase  53.17 
 
 		 314 aa  278  6e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02293  C32 tRNA thiolase  50.2 
 
 		 297 aa  278  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  52.8 
 
 		 331 aa  278  8e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2880  hypothetical protein  52.26 
 
 		 289 aa  278  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1733  C32 tRNA thiolase  53.01 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0695  C32 tRNA thiolase  52.16 
 
 		 317 aa  277  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1247  C32 tRNA thiolase  50.79 
 
 		 313 aa  277  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3705  C32 tRNA thiolase  51.95 
 
 		 274 aa  276  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248731  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2225  C32 tRNA thiolase  49.81 
 
 		 310 aa  276  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28353 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0516  C32 tRNA thiolase  50.59 
 
 		 314 aa  276  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.366068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  51.56 
 
 		 274 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0554  C32 tRNA thiolase  54.55 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1203  C32 tRNA thiolase  51.56 
 
 		 274 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2016  C32 tRNA thiolase  51.76 
 
 		 322 aa  275  5e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000499451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1959  C32 tRNA thiolase  51.76 
 
 		 322 aa  275  5e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2117  C32 tRNA thiolase  51.76 
 
 		 322 aa  275  5e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0387293 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4231  PP-loop domain-containing protein  51.78 
 
 		 310 aa  275  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92927  normal  0.191142 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1243  C32 tRNA thiolase  51.56 
 
 		 274 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000805224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1841  C32 tRNA thiolase  50.39 
 
 		 323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000126519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>