299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ala-4 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  98 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0032  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0022  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0140514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0025  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0134622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0015  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.176699  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  88.16 
 
 		 147 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0055  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000025235  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>