17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4048 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_4048  HNH endonuclease  100 
 
 		 83 aa  172  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0310  HNH endonuclease:S-type Pyocin  52.7 
 
 		 656 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4651  S-type Pyocin  50 
 
 		 643 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139923  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5232  pyocin/colicin protein, putative  52.7 
 
 		 655 aa  87  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4761  S-type Pyocin  52 
 
 		 416 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0685968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0904  S-type Pyocin  53.95 
 
 		 731 aa  84  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00543  hypothetical protein  48.15 
 
 		 859 aa  82  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0164  colicin/pyocin immunity family protein  46.67 
 
 		 601 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.827155  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4759  S-type Pyocin  46.05 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.997182  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5397  S-type Pyocin  48.68 
 
 		 789 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0784178  hitchhiker  0.00224956 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0116  putative S-type colicin  43.9 
 
 		 593 aa  73.9  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.305649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1306  pyocin S-type Killer domain-containing protein  46.05 
 
 		 758 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0470  putative cytoplasmic protein  38.96 
 
 		 561 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000218322  decreased coverage  4.8281800000000004e-23 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4543  S-type pyocin  30.56 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5378  S-type pyocin domain-containing protein  35.82 
 
 		 862 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.454504 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0118  putative colicin  34.85 
 
 		 79 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.459764 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0120  putative colicin  33.87 
 
 		 62 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.881635  normal  0.456191 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>