262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1005 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
161 aa  335  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.52 
 
 
175 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.33 
 
 
175 aa  124  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0706653  normal  0.116642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  40.94 
 
 
129 aa  91.3  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.67 
 
 
139 aa  90.9  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36 
 
 
136 aa  84  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.92 
 
 
136 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.4 
 
 
136 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36 
 
 
144 aa  80.1  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.2 
 
 
136 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.88 
 
 
136 aa  77  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.54 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  35.4 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.08 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.56 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.95 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
139 aa  74.3  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  37.96 
 
 
137 aa  73.6  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.96 
 
 
137 aa  73.6  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.38 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.79 
 
 
213 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.79 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.09 
 
 
130 aa  72.4  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.97 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.79 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.8 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.21 
 
 
130 aa  72  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
137 aa  72  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.46 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.46 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.84 
 
 
130 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  31.36 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  30.37 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.84 
 
 
130 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
130 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  35.09 
 
 
130 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.07 
 
 
132 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.21 
 
 
130 aa  70.5  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.58 
 
 
162 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  37.84 
 
 
130 aa  69.7  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5412  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
125 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  35.09 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.05 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4408  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.09 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0189  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.33 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.71 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.21 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.86 
 
 
137 aa  67  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
140 aa  67  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
135 aa  67  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.21 
 
 
152 aa  65.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7106  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.9 
 
 
125 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.221304 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  33.85 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001426  hypothetical protein  36.29 
 
 
133 aa  65.5  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00259614  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.23 
 
 
130 aa  65.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  29.03 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
132 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1446  hypothetical protein  32.56 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  32.56 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  32.56 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  32.56 
 
 
164 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  32.56 
 
 
164 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  32.56 
 
 
164 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.42 
 
 
137 aa  64.7  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33 
 
 
149 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1962  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.06 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.72415  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5167  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.64 
 
 
129 aa  63.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.578961 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  32.81 
 
 
164 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.56 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  27.56 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.96 
 
 
162 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0006  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.25 
 
 
122 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1327  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
130 aa  63.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1514  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.69 
 
 
149 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
133 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  31.01 
 
 
164 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06309  hypothetical protein  34.19 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.51 
 
 
164 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0522  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.03 
 
 
124 aa  62.8  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.288111  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.39 
 
 
162 aa  62.4  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
136 aa  61.6  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  27.56 
 
 
141 aa  61.2  0.000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.46 
 
 
147 aa  61.2  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.32 
 
 
158 aa  61.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.67 
 
 
133 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0691  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.05 
 
 
164 aa  60.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.979336  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
132 aa  60.8  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07594  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G15290)  34.21 
 
 
136 aa  60.8  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.651423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>