More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1463 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1463  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 87 aa  181  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2202  translation initiation factor IF-1  71.43 
 
 		 88 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1295  translation initiation factor IF-1  71.43 
 
 		 88 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1139  translation initiation factor IF-1  71.43 
 
 		 88 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.755906  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2174  translation initiation factor IF-1  79.45 
 
 		 73 aa  124  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.466444 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1131  translation initiation factor IF-1  71.43 
 
 		 88 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.125919  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0509  translation initiation factor 1  67.06 
 
 		 87 aa  124  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4823  translation initiation factor IF-1  69.05 
 
 		 83 aa  123  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.407366  normal  0.359715 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2444  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 		 72 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.546311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2051  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 		 72 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.708179  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2239  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 		 72 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2034  translation initiation factor IF-1  69.88 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1670  translation initiation factor IF-1  69.88 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3442  translation initiation factor IF-1  67.44 
 
 		 87 aa  121  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0386884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2156  translation initiation factor IF-1  78.08 
 
 		 73 aa  122  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2954  translation initiation factor IF-1  68.67 
 
 		 85 aa  121  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.119854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5094  translation initiation factor IF-1  70.51 
 
 		 88 aa  120  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4408  translation initiation factor IF-1  71.79 
 
 		 88 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5839  translation initiation factor IF-1  68.75 
 
 		 87 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.195419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1450  translation initiation factor IF-1  68.75 
 
 		 87 aa  120  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4463  translation initiation factor IF-1  68.75 
 
 		 87 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3905  translation initiation factor IF-1  68.75 
 
 		 87 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4661  translation initiation factor IF-1  71.25 
 
 		 82 aa  120  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0692274  normal  0.0189166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3132  translation initiation factor IF-1  65.52 
 
 		 87 aa  119  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319222  normal  0.203192 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5742  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 73 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5765  translation initiation factor IF-1  69.23 
 
 		 122 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00806393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1067  translation initiation factor IF-1  72.6 
 
 		 90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.170499 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5666  translation initiation factor IF-1  72.6 
 
 		 90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4360  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3899  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5188  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 73 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5211  translation initiation factor IF-1  67.9 
 
 		 90 aa  117  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7886  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0981  translation initiation factor IF-1  67.9 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.359493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4167  translation initiation factor IF-1  65 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0539  translation initiation factor 1  66.28 
 
 		 88 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.3184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1356  translation initiation factor IF-1  67.9 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5176  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 73 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.411739  normal  0.733527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3906  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 89 aa  116  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466658 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1086  translation initiation factor IF-1  65.82 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.27871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2388  translation initiation factor IF-1  63.95 
 
 		 86 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2961  translation initiation factor IF-1  63.95 
 
 		 86 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0227177  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0989  translation initiation factor IF-1  63.75 
 
 		 91 aa  114  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0676628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1053  translation initiation factor IF-1  63.75 
 
 		 91 aa  114  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1183  translation initiation factor IF-1  63.75 
 
 		 91 aa  114  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.219123  normal  0.976132 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0662  translation initiation factor 1  68.06 
 
 		 95 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1057  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 73 aa  113  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3205  translation initiation factor IF-1  62.07 
 
 		 91 aa  112  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.737724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0587  translation initiation factor IF-1  62.34 
 
 		 86 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0775  translation initiation factor IF-1  71.83 
 
 		 88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0735491  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0625  translation initiation factor IF-1  65.12 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0646  translation initiation factor IF-1  65.12 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1740  translation initiation factor IF-1  64.2 
 
 		 92 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5430  translation initiation factor IF-1  64.2 
 
 		 92 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3402  translation initiation factor IF-1  62.65 
 
 		 91 aa  110  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0168888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4193  translation initiation factor IF-1  68.49 
 
 		 92 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.562224  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7021  translation initiation factor IF-1  68.49 
 
 		 96 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.037971  normal  0.608799 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0312  translation initiation factor IF-1  67.12 
 
 		 93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3704  translation initiation factor IF-1  67.12 
 
 		 93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0399  translation initiation factor IF-1  62.35 
 
 		 93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1792  translation initiation factor IF-1  67.12 
 
 		 94 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3512  translation initiation factor IF-1  67.12 
 
 		 94 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.684385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2872  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0587815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0982  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.548938 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0599  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0626  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2278  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.414764  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3557  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.177852 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1790  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.684782  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003955  translation initiation factor 1  70 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000363825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  70 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2401  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000518496  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1261  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  70 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  70 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1837  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0378537  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0267  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 101 aa  101  4e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000000603814  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0211  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 87 aa  101  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.939577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0640  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1446  translation initiation factor 1  68.57 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.43996  normal  0.245774 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0323  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0249  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  100  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.410715  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2598  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  100  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000268171  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1023  translation initiation factor IF-1  62.5 
 
 		 87 aa  100  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.381645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0211  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  100  7e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479703  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3585  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  100  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.974289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1409  translation initiation factor IF-1  65.75 
 
 		 77 aa  100  8e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0978791  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1569  translation initiation factor IF-1  65.75 
 
 		 77 aa  100  8e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.471735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0526  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 		 72 aa  100  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11892  normal  0.0775298 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2042  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 		 72 aa  100  9e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000556493  normal  0.276902 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2765  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  98.6  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.219281  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1829  translation initiation factor IF-1  61.11 
 
 		 72 aa  98.6  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1046  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00368143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2215  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 		 72 aa  98.6  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0331971  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>