More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0067 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_R0082  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0055  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.831714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0067  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.360556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0075  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00798302  normal  0.222372 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0006  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0364789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0047  5S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 115 bp  117  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.906492 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6017  5SrRNA  84.35 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6010  5SrRNA  84.35 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.810803 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4293  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4357  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_r01  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0067  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0061  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0054  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0006  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 118 bp  83.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.545008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0021  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0039  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 118 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 118 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 118 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 118 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0043  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.240203  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0015  5S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0036  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0021  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  60  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.080713 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 111 bp  60  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 111 bp  60  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0047  5S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0124102  hitchhiker  0.00149945 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0029  5S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0044  5S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000702474  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0042  5S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.247953  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0008  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0022  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0042  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0060  5S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0034  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0055  5S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13570  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 164 bp  56  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.053497  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21630  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 164 bp  56  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.427298  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04520  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 164 bp  56  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.342927  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0078  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0048  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.424673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0054  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0160021  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 123 bp  56  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 123 bp  56  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 123 bp  56  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 123 bp  56  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0068  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0017  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.069433 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0027  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0583618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 114 bp  54  0.000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 114 bp  54  0.000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 116 bp  54  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 117 bp  54  0.000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0042  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0013  5S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0618011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0027  5S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.360256  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0013  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0058  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0041  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0062  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0057  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0014  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0016  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 115 bp  52  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0061  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0076  5S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>