More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1457 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
250 aa  481  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  71.71 
 
 
251 aa  358  4e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2134  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  66.8 
 
 
248 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0478142  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0808  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  66.8 
 
 
248 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0718  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  66.8 
 
 
248 aa  331  5e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.761228  normal  0.697868 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2966  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  66.8 
 
 
247 aa  326  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017508  normal  0.369863 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0584  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  51.27 
 
 
253 aa  229  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0549  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  51.27 
 
 
248 aa  229  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000031904  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3645  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  51.05 
 
 
249 aa  226  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2214  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  51.69 
 
 
244 aa  226  4e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1774  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48.79 
 
 
244 aa  224  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.245304  normal  0.604488 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3668  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein, putative SoxV protein  49.56 
 
 
244 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.389509  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4337  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  50.85 
 
 
244 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0744461  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2616  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  50 
 
 
244 aa  223  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  49.58 
 
 
244 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2162  cytochrome c-type biogenesis protein  47.9 
 
 
248 aa  219  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1771  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  50.42 
 
 
245 aa  217  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3785  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  48.98 
 
 
243 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4965  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.44 
 
 
247 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.508234  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1617  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  49.15 
 
 
244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217228  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1643  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.06 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0649003  normal  0.267262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4260  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  49.17 
 
 
247 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1525  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.03 
 
 
241 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1840  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.87 
 
 
249 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1423  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.52 
 
 
247 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0949063  normal  0.0178085 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0455  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.38 
 
 
259 aa  206  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  51.28 
 
 
247 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.132104  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2813  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein  49.19 
 
 
244 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2222  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  49.79 
 
 
243 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0245  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  44.87 
 
 
246 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00020253  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3204  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.5 
 
 
247 aa  198  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2087  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  48.21 
 
 
242 aa  192  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0753  putative cytochrome c-type biogenesis protein  42.32 
 
 
250 aa  189  2e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.117718  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.99 
 
 
242 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2809  cytochrome c biogenesis protein  43.67 
 
 
244 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.427201 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1322  cytochrome c biogenesis protein CcdA  37.55 
 
 
242 aa  176  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3944  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.17 
 
 
240 aa  175  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3606  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.17 
 
 
240 aa  175  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507935  normal  0.590973 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0180  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane  41.13 
 
 
240 aa  174  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00413997  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4148  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  45.34 
 
 
245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4103  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.63 
 
 
242 aa  171  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1241  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  43.78 
 
 
227 aa  169  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0549817  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4210  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.32 
 
 
245 aa  168  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3473  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.43 
 
 
238 aa  165  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.320099 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3738  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.94 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3411  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.43 
 
 
238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3920  hypothetical protein  41.1 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.242157 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1532  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.56 
 
 
231 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.739338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2451  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.89 
 
 
242 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0258924  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  36.28 
 
 
403 aa  158  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1270  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.2 
 
 
240 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243942  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3250  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.2 
 
 
240 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0077031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  35.81 
 
 
403 aa  158  7e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.44 
 
 
218 aa  157  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.422779  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4120  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.3 
 
 
240 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1660  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.63 
 
 
237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0445  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.98 
 
 
250 aa  155  6e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.362789  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4125  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.89 
 
 
399 aa  154  9e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0162627 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.79 
 
 
229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8081  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.4 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0522  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.58 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0219549  hitchhiker  0.00315047 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0502  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.61 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1830  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.39 
 
 
227 aa  151  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00101258  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0270  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.96 
 
 
243 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.584901  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1262  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.89 
 
 
235 aa  149  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.57281  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1384  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.55 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0107253  normal  0.0935578 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1434  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.55 
 
 
249 aa  146  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167191 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0252  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.06 
 
 
255 aa  146  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2005  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.11 
 
 
243 aa  145  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0109812  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.17 
 
 
259 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3090  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.86 
 
 
251 aa  142  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0831  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.8 
 
 
224 aa  142  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0602188  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0693  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.17 
 
 
259 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482299  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3291  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.55 
 
 
251 aa  142  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.402635  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0706  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.17 
 
 
259 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.10539 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0736  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.68 
 
 
222 aa  142  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.592681  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4562  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.03 
 
 
291 aa  142  7e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  38.22 
 
 
396 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4432  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.89 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.229211  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4430  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.35 
 
 
253 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10538  cytochrome C-type biogenesis protein ccdA  37.6 
 
 
259 aa  139  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000404989  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1948  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.34 
 
 
222 aa  140  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0573  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.95 
 
 
244 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1553  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.35 
 
 
247 aa  139  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.466442  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18190  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.22 
 
 
225 aa  138  7e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000578008  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2199  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.3 
 
 
276 aa  137  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1953  cytochrome c biogenesis protein  32.2 
 
 
244 aa  136  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5368  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.25 
 
 
278 aa  136  4e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.428452  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2146  cytochrome c biogenesis protein  40.27 
 
 
402 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0617125  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5329  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.02 
 
 
256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.262903  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3693  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.17 
 
 
256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0184  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.98 
 
 
281 aa  135  8e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2825  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.5 
 
 
257 aa  135  9e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.447777  normal  0.192447 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1037  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.65 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4519  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.08 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0363531 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0051  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.26 
 
 
261 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.160405 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4478  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.62 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4309  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.62 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117194  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4209  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.62 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5681  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.79 
 
 
256 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.728105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>