298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Gly-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495704  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0921  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1650  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0039  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0037  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.694382  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04003  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000136534  normal  0.315468 
 
 
-
 
NC_003295  RS04004  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000000202158  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0035  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0036  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0010  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0183648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0037  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0008  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.521069  normal  0.137143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0007  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.38046  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0011  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0037  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0254902  normal  0.171485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0033  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0406258  normal  0.16961 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0031  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0031  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0675454  normal  0.168417 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0035  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213758  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0855  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0028  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.706726  normal  0.167752 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0020  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000165408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0028  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000313605  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0025  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0017  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000592681  hitchhiker  0.00000010486 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0241  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0069  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.494624  hitchhiker  0.00109102 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0017  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0006  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0034  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0045  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0047  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.686497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0032  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0006  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0007  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0044  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00255441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0072  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0073  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.611784  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0009  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0030  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0017  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000137246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0013  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0009  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000000000199446  normal  0.87079 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0049  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0173408  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0009  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.886976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0012  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00000602687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0029  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.707259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  95.92 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly03  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.122122  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  95.92 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  95.92 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  95.92 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.82132  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1545  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2165  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0031  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000377899  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0046  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000231748  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0048  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000268025  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0050  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000555856  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1978  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2245  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2331  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0152091  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2253  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.986427  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0739  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.158339  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1755  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0891  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  87.5 
 
 		 777 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.101452  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1730  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.873105  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0041  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t34  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.286762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t35  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0038  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.148988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>