298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0044 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00255441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0072  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0073  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.611784  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.82132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2245  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1755  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1730  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.873105  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1978  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0241  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0031  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2253  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.986427  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2331  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0152091  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2165  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0891  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  98.67 
 
 		 777 bp  141  3e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.101452  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1013  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0909  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0042  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.443767  normal  0.830121 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1545  tRNA-Gly  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0739  tRNA-Gly  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.158339  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0028  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0030  tRNA-Gly  98.68 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000189578  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0855  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0033  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0406258  normal  0.16961 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0025  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0017  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000592681  hitchhiker  0.00000010486 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0017  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0031  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0675454  normal  0.168417 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0028  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.706726  normal  0.167752 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0069  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.494624  hitchhiker  0.00109102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0037  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0254902  normal  0.171485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0035  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213758  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1789  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.212776  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0024  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0022  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0029  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11864  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0028  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.433481  normal  0.466553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0044  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0043  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000132411  normal  0.194852 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0020  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000165408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0028  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000313605  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0031  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000029648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0046  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.098729  normal  0.38061 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0006  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0020  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286535 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0041  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0025  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.620375 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0038  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.148988  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0011  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.770603  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0010  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.695097  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 79 bp  119  9e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00081  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000257411  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00082  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000239785  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0042  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0045  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0905677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0075  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000219757  hitchhiker  0.00000000043748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0023  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000537949 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0022  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0051  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000228053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R50  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R61  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R63  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R65  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4723  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.032e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2337  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0125428  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0024  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000696404  hitchhiker  0.000000493359 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0055  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00145932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5111  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000015095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0031  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672665  normal  0.623556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0078  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67777  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0706  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0707  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0600854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>