298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0005 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0069  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.494624  hitchhiker  0.00109102 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0017  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0025  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0017  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000592681  hitchhiker  0.00000010486 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0855  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0044  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00255441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0072  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0073  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.611784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0028  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.706726  normal  0.167752 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0033  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0406258  normal  0.16961 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0031  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0675454  normal  0.168417 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0037  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0254902  normal  0.171485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0035  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213758  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2253  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.986427  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.82132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2165  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1755  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1730  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.873105  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0020  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000165408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0028  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000313605  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2245  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0006  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0241  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2331  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0152091  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0891  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  97.33 
 
 		 777 bp  133  6e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.101452  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1978  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0042  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.443767  normal  0.830121 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0909  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1545  tRNA-Gly  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0739  tRNA-Gly  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.158339  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1013  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0028  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0030  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000189578  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1789  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.212776  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0024  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0022  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0029  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11864  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0028  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.433481  normal  0.466553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0044  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0043  tRNA-Gly  96 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000132411  normal  0.194852 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0031  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000029648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0046  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.098729  normal  0.38061 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0020  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286535 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0025  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.620375 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0041  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0038  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.148988  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0010  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0183648  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04003  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000136534  normal  0.315468 
 
 
-
 
NC_003295  RS04004  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000000202158  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0011  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0011  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.770603  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0007  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.38046  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0036  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0039  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0010  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.695097  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly03  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.122122  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.694382  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0008  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.521069  normal  0.137143 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0024  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000696404  hitchhiker  0.000000493359 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0055  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00145932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t21  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R63  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R65  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0045  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0047  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.686497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5110  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5109  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>