49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2539 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2539  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 149 aa  313  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2705  transcription activator, effector binding  97.99 
 
 		 149 aa  307  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2606  transcription activator, effector binding protein  96.64 
 
 		 149 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1757  hypothetical protein  82.55 
 
 		 159 aa  267  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2787  transcription activator effector binding  67.11 
 
 		 149 aa  226  9e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.688559 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1592  transcription activator effector binding  67.11 
 
 		 154 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.372363 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1563  transcription activator effector binding  67.11 
 
 		 154 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1557  transcription activator effector binding  66.44 
 
 		 154 aa  223  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1456  transcription activator, effector binding  65.77 
 
 		 154 aa  218  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259797  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2786  transcription activator, effector binding  52.03 
 
 		 146 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2542  transcription activator, effector binding  47.3 
 
 		 152 aa  147  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3143  transcription activator effector binding  44.53 
 
 		 165 aa  133  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06778  hypothetical protein  38.24 
 
 		 149 aa  114  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0107  hypothetical protein  34.27 
 
 		 153 aa  103  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0580328  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0548  transcription activator, effector binding  34.12 
 
 		 174 aa  101  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0560  hypothetical protein  33.53 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.754603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1824  transcription activator effector binding  39.86 
 
 		 155 aa  97.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.343494  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0189  transcription activator effector binding  36.3 
 
 		 156 aa  90.5  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.4925  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0171  transcription activator, effector binding  35.62 
 
 		 156 aa  90.1  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.486669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0019  DNA-binding protein  36.42 
 
 		 164 aa  85.5  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0283  CTA2 subfamily 1 protein  34.67 
 
 		 158 aa  85.5  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189572  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1440  transcription activator effector binding subunit  39.72 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.347846  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3397  transcription activator effector binding  37.93 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000497279  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1875  hypothetical protein  33.55 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2199  transcription activator, effector binding  34.81 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7160  transcription activator effector binding protein  27.46 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46886  normal  0.0205342 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2308  transcription activator effector binding protein  32.39 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.20456 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1918  transcription activator effector binding  32.67 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00982966  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3688  transcription activator effector binding  29.79 
 
 		 153 aa  63.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1342  CTA2 subfamily 1 protein  28.67 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1998  transcription activator effector binding protein  29.3 
 
 		 153 aa  63.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000299964  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0175  hypothetical protein  29.05 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5068  DNA-binding protein YobU  29.05 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4660  DNA-binding protein  29.05 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5072  hypothetical protein  29.05 
 
 		 158 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3427  transcription activator effector binding  28.77 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5162  hypothetical protein  30 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4799  hypothetical protein  30 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5039  hypothetical protein  30 
 
 		 159 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4749  transcription activator effector binding  29.05 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4641  DNA-binding protein  29.33 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5066  hypothetical protein  27.7 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1034  transcription activator effector binding  29.93 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2865  transcription activator effector binding  30 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2446  transcription activator, effector binding  28.77 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88127  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1692  hypothetical protein  27.86 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2436  transcription activator effector binding protein  23.61 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.236328  normal  0.052404 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1790  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 282 aa  43.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.191731  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0763  transcription activator effector binding  24.03 
 
 		 146 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000404433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>