25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3657 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3657  NERD domain-containing protein  100 
 
 		 351 aa  737    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.779126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3845  NERD domain-containing protein  63.53 
 
 		 329 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000986897 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0675  NERD domain-containing protein  63.25 
 
 		 329 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160777  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0648  NERD domain-containing protein  60.68 
 
 		 329 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0135957 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3374  NERD domain-containing protein  61.82 
 
 		 329 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000216973  decreased coverage  0.000336538 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0647  NERD domain-containing protein  60.68 
 
 		 329 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.016807  hitchhiker  0.00000125306 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3685  NERD domain-containing protein  58.4 
 
 		 353 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3961  NERD domain-containing protein  35.93 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0609224  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0336  hypothetical protein  42.99 
 
 		 234 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1003  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 344 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3205  NERD domain protein  30.85 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.474591  normal  0.680793 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  28.7 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0218  NERD domain protein  32 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  28 
 
 		 224 aa  54.3  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0665  HRDC domain-containing protein  25.85 
 
 		 361 aa  52.8  0.000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.126203  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0664  HRDC domain-containing protein  25.37 
 
 		 361 aa  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0121317  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  32.04 
 
 		 211 aa  48.9  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 225 aa  48.1  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  37.31 
 
 		 228 aa  46.6  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0442  NERD domain protein  31.3 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  28.57 
 
 		 286 aa  43.9  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  33.78 
 
 		 267 aa  43.9  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  30.21 
 
 		 269 aa  43.5  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  28.3 
 
 		 259 aa  43.5  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  32.26 
 
 		 355 aa  43.5  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>