More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1584 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1584  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 277 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  39.15 
 
 		 286 aa  194  9e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  28.87 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 293 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 293 aa  126  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 304 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  28.68 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 312 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  26.84 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  31.25 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 283 aa  116  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  26.39 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  30.42 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  32.38 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  27.41 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  27.41 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  27.41 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  27.41 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  27.41 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 295 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.77 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  30 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  27.97 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0208  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.502619  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0189  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 296 aa  105  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7214  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.447875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4564  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.53731  normal  0.180488 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>