More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2173 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2173  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
470 aa  952    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0883162  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 
459 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  46.22 
 
 
455 aa  382  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 
461 aa  382  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 
465 aa  379  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  41.59 
 
 
459 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  44.25 
 
 
461 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  44.25 
 
 
461 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 
459 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 
459 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 
461 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 
459 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 
459 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 
459 aa  378  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  42.2 
 
 
481 aa  372  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  42.67 
 
 
459 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  42.73 
 
 
459 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
456 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  42.6 
 
 
459 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  44.05 
 
 
456 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 
460 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  46.09 
 
 
464 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  45.12 
 
 
485 aa  367  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  42.47 
 
 
460 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  42.56 
 
 
485 aa  364  2e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  41.81 
 
 
459 aa  363  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1181  cysteinyl-tRNA synthetase  40.84 
 
 
493 aa  363  4e-99  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00250228  hitchhiker  0.0000333718 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  42.76 
 
 
460 aa  363  5.0000000000000005e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 
461 aa  362  7.0000000000000005e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 
461 aa  362  7.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 
461 aa  362  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  45.39 
 
 
460 aa  360  2e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  43.39 
 
 
461 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  41.1 
 
 
468 aa  360  3e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  42.83 
 
 
459 aa  360  3e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  41.74 
 
 
461 aa  360  3e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  43.17 
 
 
461 aa  360  3e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0121  cysteinyl-tRNA synthetase  42.07 
 
 
462 aa  359  6e-98  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.179815  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  39.56 
 
 
493 aa  359  8e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  41.33 
 
 
487 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  45.4 
 
 
459 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  40.57 
 
 
494 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  43.58 
 
 
464 aa  356  3.9999999999999996e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  43.69 
 
 
460 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2221  cysteinyl-tRNA synthetase  47.65 
 
 
462 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.312209  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  42.83 
 
 
461 aa  356  5.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1875  cysteinyl-tRNA synthetase  47.65 
 
 
462 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000229747  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 
485 aa  355  6.999999999999999e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  42.17 
 
 
462 aa  355  6.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1952  cysteinyl-tRNA synthetase  41.29 
 
 
485 aa  355  8.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00515246  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 
465 aa  354  1e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2233  cysteinyl-tRNA synthetase  43.15 
 
 
501 aa  353  2.9999999999999997e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.056881  normal  0.890291 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  45.03 
 
 
454 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0064  cysteinyl-tRNA synthetase  39.96 
 
 
469 aa  353  4e-96  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00940017  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0188  cysteinyl-tRNA synthetase  43.53 
 
 
478 aa  353  4e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.272447  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  42.38 
 
 
459 aa  353  4e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  43.69 
 
 
460 aa  353  5e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  43.13 
 
 
473 aa  353  5e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.969575  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0902  cysteinyl-tRNA synthetase  41.68 
 
 
474 aa  353  5e-96  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 
485 aa  353  5e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  40.13 
 
 
466 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  7e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000245002  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2407  cysteinyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 
460 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439107  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  41.14 
 
 
460 aa  352  7e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  48.82 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000694006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  352  1e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000869328  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  39.75 
 
 
481 aa  352  1e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 
460 aa  352  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37953  predicted protein  41.81 
 
 
497 aa  351  2e-95  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.150647  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  48.82 
 
 
461 aa  351  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2683  cysteinyl-tRNA synthetase  44.31 
 
 
481 aa  351  2e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0025433  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  41.52 
 
 
468 aa  350  2e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2878  cysteinyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 
460 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.846571  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0403  cysteinyl-tRNA synthetase  43.98 
 
 
474 aa  350  3e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00611212  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1109  cysteinyl-tRNA synthetase  40.56 
 
 
488 aa  350  3e-95  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.98105  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  41.56 
 
 
454 aa  350  3e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 
461 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 
461 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 
461 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 
461 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 
461 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2249  cysteine--tRNA ligase  42.31 
 
 
485 aa  348  1e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000746597  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1273  cysteinyl-tRNA synthetase  43.96 
 
 
481 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2590  cysteinyl-tRNA synthetase  44.07 
 
 
481 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0727872  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  39.25 
 
 
480 aa  348  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 
479 aa  347  2e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  39.58 
 
 
480 aa  347  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0171  cysteinyl-tRNA synthetase  40.34 
 
 
469 aa  348  2e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000554263  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  41.49 
 
 
493 aa  347  3e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  44.32 
 
 
461 aa  347  4e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 
458 aa  347  4e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1248  cysteinyl-tRNA synthetase  43.76 
 
 
461 aa  347  4e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000407868  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  42 
 
 
490 aa  346  5e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  42.28 
 
 
456 aa  345  8e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  44.59 
 
 
465 aa  345  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>