75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3556 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3556  hypothetical protein  100 
 
 		 83 aa  169  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333182  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0942  hypothetical protein  41.94 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1051  hypothetical protein  44.12 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.588494  normal  0.494297 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3529  protein of unknown function DUF1178  50 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.753668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2316  hypothetical protein  47.62 
 
 		 171 aa  62  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1885  hypothetical protein  47.37 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0383  hypothetical protein  39.34 
 
 		 81 aa  60.8  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.149602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3820  protein of unknown function DUF1178  46.43 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3087  hypothetical protein  43.75 
 
 		 165 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2261  hypothetical protein  41.94 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00456771  normal  0.596265 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3967  hypothetical protein  44.64 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5214  hypothetical protein  45.28 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0477  hypothetical protein  39.34 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7597  hypothetical protein  41.07 
 
 		 160 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3689  protein of unknown function DUF1178  41.27 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0647415 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3003  hypothetical protein  44.07 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0556  hypothetical protein  44.93 
 
 		 156 aa  57  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.09335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1031  hypothetical protein  42.86 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107167  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2387  hypothetical protein  48.08 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.389064  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0478  hypothetical protein  36.07 
 
 		 80 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0740  hypothetical protein  45 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0684748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1805  hypothetical protein  44.64 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0646662  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1874  hypothetical protein  44.64 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1497  hypothetical protein  42.03 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0046  hypothetical protein  40.98 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.564208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1739  hypothetical protein  39.71 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2057  conserved hypothetical protein DUF1178  38.71 
 
 		 158 aa  54.3  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.321468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0517  hypothetical protein  40.35 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.217482 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0604  protein of unknown function DUF1178  44.23 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2570  hypothetical protein  42.42 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0177669  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3271  hypothetical protein  41.18 
 
 		 148 aa  52.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0382  hypothetical protein  36.36 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.122904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2507  hypothetical protein  39.68 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00622099  normal  0.253692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3477  protein of unknown function DUF1178  37.88 
 
 		 157 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.469566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3309  hypothetical protein  34.78 
 
 		 172 aa  52.8  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258972  normal  0.358508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5955  protein of unknown function DUF1178  41.51 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249221  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1789  hypothetical protein  41.25 
 
 		 159 aa  51.2  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0266683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0023  hypothetical protein  40.38 
 
 		 164 aa  50.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2198  protein of unknown function DUF1178  38.16 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.381917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0104  hypothetical protein  36.62 
 
 		 167 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.426528 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2046  hypothetical protein  41.38 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.707585  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1508  hypothetical protein  36.51 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617584  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3603  protein of unknown function DUF1178  32.93 
 
 		 158 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1278  hypothetical protein  38.03 
 
 		 164 aa  47.4  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175666  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2033  protein of unknown function DUF1178  38.57 
 
 		 152 aa  47.4  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3279  hypothetical protein  36.36 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0128  protein of unknown function DUF1178  37.88 
 
 		 168 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330985  normal  0.0171645 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0887  protein of unknown function DUF1178  38 
 
 		 155 aa  46.2  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1875  protein of unknown function DUF1178  41.38 
 
 		 153 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163568  normal  0.464761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2011  hypothetical protein  38.89 
 
 		 159 aa  47  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0972  hypothetical protein  38 
 
 		 155 aa  46.2  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.766766  normal  0.625326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3494  protein of unknown function DUF1178  39.62 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.418231  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2150  hypothetical protein  34.92 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0219334  normal  0.395291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4072  hypothetical protein  36 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.548265 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5561  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1621  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2257  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2233  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1813  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135309  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1452  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2271  hypothetical protein  34.92 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1146  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0969021  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0721  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1315  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.696592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0429  hypothetical protein  36.51 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0943  hypothetical protein  36.84 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1077  hypothetical protein  34.92 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1044  hypothetical protein  33.87 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.315056  normal  0.288187 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0836  protein of unknown function DUF1178  32.89 
 
 		 90 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1306  hypothetical protein  34.92 
 
 		 140 aa  41.6  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5165  hypothetical protein  32.65 
 
 		 169 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1036  hypothetical protein  33.78 
 
 		 163 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1993  hypothetical protein  33.96 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0208822  normal  0.339647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3240  hypothetical protein  32.08 
 
 		 175 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0209036  normal  0.632043 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3193  hypothetical protein  34.48 
 
 		 141 aa  40  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>