70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0021 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356403  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0031  tRNA-Ser  97.18 
 
 		 71 bp  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.653188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0033  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 84 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0031  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt02  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0013  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.882004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>