More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2208 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3498  cysteinyl-tRNA synthetase  71.77 
 
 		 472 aa  709    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3374  cysteinyl-tRNA synthetase  73.21 
 
 		 493 aa  735    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.301866  normal  0.0269367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2086  cysteinyl-tRNA synthetase  69.77 
 
 		 488 aa  704    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.634388  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  77.39 
 
 		 463 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.680985  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2208  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 491 aa  1016    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1488  cysteinyl-tRNA synthetase  59.96 
 
 		 482 aa  569  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335509  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1228  cysteinyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 477 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0677  cysteinyl-tRNA synthetase  58.88 
 
 		 506 aa  556  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0670  cysteinyl-tRNA synthetase  58.69 
 
 		 506 aa  555  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.438078  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4717  cysteinyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 		 462 aa  553  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2611  cysteinyl-tRNA synthetase  57.5 
 
 		 505 aa  542  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.536822  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0135  cysteinyl-tRNA synthetase  58.37 
 
 		 449 aa  530  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1184  cysteinyl-tRNA synthetase  57.03 
 
 		 463 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.257527  normal  0.696826 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0713  cysteinyl-tRNA synthetase  58.04 
 
 		 466 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1638  cysteinyl-tRNA synthetase  57.23 
 
 		 460 aa  511  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2661  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0459  cysteinyl-tRNA synthetase  56.26 
 
 		 460 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0171748 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  49.55 
 
 		 588 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0481  cysteinyl-tRNA synthetase  51.56 
 
 		 500 aa  506  9.999999999999999e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1038  cysteinyl-tRNA synthetase  54.58 
 
 		 463 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5285  cysteinyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 		 462 aa  502  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.693404  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5212  cysteinyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 		 462 aa  498  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.253411 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4745  cysteinyl-tRNA synthetase  57.11 
 
 		 462 aa  500  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1915  cysteinyl-tRNA synthetase  54.45 
 
 		 458 aa  494  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5571  cysteinyl-tRNA synthetase  56.67 
 
 		 465 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0965  cysteinyl-tRNA synthetase  51.06 
 
 		 506 aa  467  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910557  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0689  cysteinyl-tRNA synthetase  51.01 
 
 		 459 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0435653  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4529  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 462 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0386515 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0419  cysteinyl-tRNA synthetase  48.07 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0310723 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508946  normal  0.0729596 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1380  cysteinyl-tRNA synthetase  51.22 
 
 		 486 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194262  normal  0.461821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2722  cysteinyl-tRNA synthetase  48.8 
 
 		 499 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2071  cysteinyl-tRNA synthetase  50.83 
 
 		 486 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.377072 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1404  cysteinyl-tRNA synthetase  48.8 
 
 		 449 aa  412  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1153  cysteinyl-tRNA synthetase  48 
 
 		 457 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.102155  normal  0.0430142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2398  cysteinyl-tRNA synthetase  47.19 
 
 		 461 aa  404  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2665  cysteinyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 		 468 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1100  cysteinyl-tRNA synthetase  45.06 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0132034 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0308  cysteinyl-tRNA synthetase  44.31 
 
 		 459 aa  389  1e-107  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0149  cysteinyl-tRNA synthetase  42.31 
 
 		 457 aa  385  1e-105  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  44.96 
 
 		 485 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0768  cysteinyl-tRNA synthetase  43.89 
 
 		 459 aa  383  1e-105  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.202696  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4063  cysteinyl-tRNA synthetase  49.17 
 
 		 462 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  44.53 
 
 		 481 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0676  cysteinyl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 474 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.02633 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 		 459 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00355  cysteinyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 		 474 aa  378  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.229746  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0281  cysteinyl-tRNA synthetase  45.17 
 
 		 467 aa  372  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  43.88 
 
 		 459 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1958  cysteinyl-tRNA synthetase  51.41 
 
 		 453 aa  371  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46476  normal  0.773483 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0311  cysteinyl-tRNA synthetase  44.76 
 
 		 467 aa  368  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 454 aa  366  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 		 459 aa  365  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  43.88 
 
 		 459 aa  364  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  42.91 
 
 		 460 aa  363  4e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  41.87 
 
 		 461 aa  362  8e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  43.98 
 
 		 485 aa  362  9e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  42.45 
 
 		 459 aa  362  1e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2731  cysteinyl-tRNA synthetase  45.17 
 
 		 458 aa  360  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  43.26 
 
 		 461 aa  361  2e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1903  cysteinyl-tRNA synthetase  41.96 
 
 		 459 aa  360  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 461 aa  360  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  42.51 
 
 		 460 aa  360  4e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  41.37 
 
 		 459 aa  359  5e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  42.25 
 
 		 479 aa  359  7e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  42.97 
 
 		 461 aa  359  7e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  42.6 
 
 		 463 aa  359  8e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  41.14 
 
 		 468 aa  357  1.9999999999999998e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 		 459 aa  357  1.9999999999999998e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  43.26 
 
 		 459 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  41.84 
 
 		 460 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  43.26 
 
 		 459 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 462 aa  357  3.9999999999999996e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  43.06 
 
 		 461 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 		 461 aa  356  5e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 		 461 aa  356  5e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  44.06 
 
 		 459 aa  356  5e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  42.68 
 
 		 459 aa  356  5e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  43.26 
 
 		 459 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  43.06 
 
 		 461 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  41.6 
 
 		 494 aa  355  1e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  43.14 
 
 		 487 aa  354  2e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 		 459 aa  354  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 		 460 aa  354  2e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  43.06 
 
 		 459 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  44.84 
 
 		 461 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 		 461 aa  353  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 		 493 aa  353  4e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2865  cysteinyl-tRNA synthetase  42.55 
 
 		 462 aa  352  8.999999999999999e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 		 465 aa  352  1e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3792  cysteinyl-tRNA synthetase  41.83 
 
 		 469 aa  352  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158912  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  41.55 
 
 		 468 aa  352  1e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  41.2 
 
 		 493 aa  350  3e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 		 461 aa  348  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  41.96 
 
 		 480 aa  348  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  42.74 
 
 		 473 aa  347  2e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.969575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  38.82 
 
 		 466 aa  347  3e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0552  cysteinyl-tRNA synthetase  38.82 
 
 		 466 aa  347  3e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  42.74 
 
 		 465 aa  345  7e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  43.96 
 
 		 455 aa  345  1e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  41.25 
 
 		 480 aa  345  1e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>