More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_R0028 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0028  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501499  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>