167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0016 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  89.33 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0044  tRNA-Thr  88.16 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  88.16 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  92.16 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  92.16 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  87.32 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0017  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0028  tRNA-Lys  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501499  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04020  tRNA-Thr  91.07 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.730789  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  90.38 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0050  tRNA-Thr  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0330794  normal  0.0472699 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0700  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  90.2 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0029  tRNA-Thr  89.09 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0001  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.200882  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0037  tRNA-Thr  95.12 
 
 
72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2036  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000405552  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0670  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00122631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5029  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0014  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.155651  normal  0.848204 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  84.72 
 
 
76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  84.72 
 
 
76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  84.72 
 
 
76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  84.72 
 
 
76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0012  tRNA-Thr  85.71 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  85.48 
 
 
73 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  96.67 
 
 
77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0068  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000142194  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0042  tRNA-Met  96.67 
 
 
75 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.231974 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0017  tRNA-Thr  96.55 
 
 
88 bp  50.1  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0552891  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0043  tRNA-Thr  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  86.79 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  86.79 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  85.25 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0014  tRNA-Thr  86.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  83.56 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>