144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2455 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2455  putative colicin V production protein, dedE  100 
 
 		 204 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1118  colicin V production protein  100 
 
 		 204 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1063  colicin V production protein  97.25 
 
 		 194 aa  278  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3940  colicin V production protein  63.3 
 
 		 203 aa  245  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2130  putative colicin V production protein  62.84 
 
 		 184 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1711  colicin V production protein  60.99 
 
 		 189 aa  210  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0296079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1785  colicin V production protein  55.98 
 
 		 207 aa  201  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.170102 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1500  colicin V production protein  32.18 
 
 		 199 aa  96.3  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  30.86 
 
 		 234 aa  86.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0728  colicin V production protein  30.35 
 
 		 214 aa  86.3  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.980387  normal  0.959798 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2996  colicin V production protein  34.48 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3500  Colicin V production protein  34.86 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0414  Colicin V production protein  39.2 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.728843 
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  34.01 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2292  colicin V production protein  30.81 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  34.01 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2016  colicin V production protein  29.15 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.535943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2453  colicin V production protein  33.33 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2283  colicin V production protein  32.18 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2310  colicin V production protein  34.48 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.530108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3788  putative colicin V production protein, cvpA-like (dedE protein) (Pur regulon 18 kDa protein)  28.14 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  33.55 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0561  colicin V production protein  32.99 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245346  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  29.1 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1043  Colicin V production protein  31.43 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1188  Colicin V production protein  30.66 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  37.27 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0984  colicin V production protein  30.86 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769176  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  40 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  30.43 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  32.52 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3895  colicin V production protein  33.54 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507461  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1907  colicin V production protein  38.79 
 
 		 174 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4301  Colicin V production protein  28.79 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.678611  normal  0.0583187 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2875  putative bacteriocin production related protein  37.9 
 
 		 164 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3933  colicin V production protein  28.79 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.838461  normal  0.0661094 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1298  hypothetical protein  30.26 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1297  hypothetical protein  30.26 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4408  Colicin V production protein  30.36 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  31.5 
 
 		 165 aa  59.3  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4616  colicin V production protein  34.69 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23900  hypothetical protein  35.9 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00157781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2024  hypothetical protein  35.9 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  33.33 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4093  colicin V production protein  33.12 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.799722  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1977  colicin V production transmembrane protein  30.95 
 
 		 165 aa  57  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  31.75 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34160  Colicin V production protein  30.77 
 
 		 170 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1807  Colicin V production protein  33.08 
 
 		 165 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  29.6 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2490  CvpA family protein  35.65 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.904842  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2712  colicin V production protein  32.48 
 
 		 170 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240429  normal  0.143429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  35.59 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1091  colicin V production protein  35.16 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.527466 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  28.8 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  28.8 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  28.8 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  30.37 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  29.6 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  32.23 
 
 		 163 aa  54.7  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0780  colicin V production protein  29.61 
 
 		 173 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4770  colicin V production protein  34.13 
 
 		 163 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161022 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3799  colicin V production protein  29.79 
 
 		 160 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2152  colicin V production protein  34.65 
 
 		 165 aa  53.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.925685  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3812  cvpA family protein  28.21 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1667  colicin V production protein  28.21 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2119  colicin V production protein  38.6 
 
 		 164 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.73318  normal  0.0950051 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1805  colicin V production protein  28.65 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4403  colicin V production protein  36.84 
 
 		 164 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.454399  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3564  colicin V production protein  36.84 
 
 		 164 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3964  colicin V production protein  36.84 
 
 		 164 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1258  Colicin V production protein  34.19 
 
 		 162 aa  52.4  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2598  colicin V production protein  30 
 
 		 198 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.402841  normal  0.0450921 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6836  Colicin V production protein  33.33 
 
 		 164 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612916 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  26.88 
 
 		 163 aa  51.2  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02505  colicin V production protein  28.46 
 
 		 248 aa  50.1  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.785902  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4380  colicin V production protein  39.13 
 
 		 164 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.452488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  27.91 
 
 		 166 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0488  CvpA protein  27.21 
 
 		 155 aa  50.1  0.00003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.888997  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1799  colicin V production protein  32.11 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503822  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3486  colicin V production protein  28.99 
 
 		 232 aa  48.9  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692742 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2147  colicin V production protein  27.11 
 
 		 162 aa  47.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.936952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  25.44 
 
 		 162 aa  47  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0917  colicin V production protein  29.63 
 
 		 166 aa  47  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2131  Colicin V production protein  33.33 
 
 		 165 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3859  colicin V production protein  32.46 
 
 		 164 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2194  Colicin V production protein  27.22 
 
 		 186 aa  46.2  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3354  colicin V production protein  32.46 
 
 		 164 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0663199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  27.81 
 
 		 162 aa  46.2  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  30 
 
 		 163 aa  45.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2503  colicin V production protein  28.78 
 
 		 207 aa  45.8  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002878  colicin V production protein  25 
 
 		 163 aa  46.2  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  27.81 
 
 		 162 aa  45.8  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2300  colicin V production protein  29.46 
 
 		 171 aa  45.8  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.113958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1398  colicin V production protein  30 
 
 		 162 aa  45.4  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0120  putative serine protease  26.21 
 
 		 392 aa  45.4  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1620  colicin V production protein  30 
 
 		 162 aa  45.1  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1723  Colicin V production protein  26.03 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.558498  normal  0.0591031 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2065  CvpA family protein  26.03 
 
 		 165 aa  45.1  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1534  colicin V production protein  25.73 
 
 		 169 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.452834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>