175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1977 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1977  colicin V production transmembrane protein  100 
 
 		 165 aa  318  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1807  Colicin V production protein  90.91 
 
 		 165 aa  302  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2131  Colicin V production protein  90.3 
 
 		 165 aa  274  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2300  colicin V production protein  62.2 
 
 		 171 aa  216  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.113958  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  57.93 
 
 		 165 aa  192  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2875  putative bacteriocin production related protein  42.24 
 
 		 164 aa  134  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4616  colicin V production protein  41.61 
 
 		 164 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6836  Colicin V production protein  42.86 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612916 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1715  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.235726  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1907  colicin V production protein  42.59 
 
 		 174 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0685  CvpA family protein  45.96 
 
 		 164 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.345398  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1655  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.984666  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1864  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2439  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.267781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0535  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0763  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2301  CvpA family protein  45.34 
 
 		 164 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  39.63 
 
 		 188 aa  116  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3564  colicin V production protein  42.24 
 
 		 164 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4403  colicin V production protein  42.24 
 
 		 164 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.454399  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3964  colicin V production protein  42.24 
 
 		 164 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0777  colicin V production protein  42.33 
 
 		 188 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136777  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2119  colicin V production protein  41.61 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.73318  normal  0.0950051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3354  colicin V production protein  41.61 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0663199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3859  colicin V production protein  41.61 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4380  colicin V production protein  41.61 
 
 		 164 aa  111  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.452488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  37.65 
 
 		 163 aa  105  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4770  colicin V production protein  36.94 
 
 		 163 aa  95.9  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161022 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1258  Colicin V production protein  34.81 
 
 		 162 aa  94.4  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2490  CvpA family protein  38.27 
 
 		 177 aa  92  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.904842  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  33.96 
 
 		 162 aa  91.3  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1297  hypothetical protein  34.78 
 
 		 177 aa  90.9  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0875  colicin V production protein  38.27 
 
 		 163 aa  91.3  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.592724  normal  0.0357413 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1298  hypothetical protein  34.78 
 
 		 177 aa  90.9  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1672  colicin V production protein  33.33 
 
 		 163 aa  90.1  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3760  Colicin V production protein  36.02 
 
 		 161 aa  87.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0367363  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  30 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2152  colicin V production protein  33.74 
 
 		 165 aa  81.3  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.925685  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2227  Colicin V production protein  35.44 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.630839  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2737  colicin V production protein  35.44 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1024  colicin V production protein  33.33 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1091  colicin V production protein  31.68 
 
 		 161 aa  79.7  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.527466 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0900  colicin V production protein  31.21 
 
 		 217 aa  77.4  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  32.12 
 
 		 168 aa  77.4  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1909  colicin V production protein  37.76 
 
 		 163 aa  75.5  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.485501 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23900  hypothetical protein  32.89 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00157781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2024  hypothetical protein  32.89 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  30.97 
 
 		 185 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  30.97 
 
 		 185 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  30.97 
 
 		 185 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  30.97 
 
 		 185 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3057  Colicin V production protein  38.27 
 
 		 163 aa  74.7  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02505  colicin V production protein  31.72 
 
 		 248 aa  74.7  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.785902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  31.33 
 
 		 177 aa  73.6  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1687  colicin V production protein  42.11 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2712  colicin V production protein  32.24 
 
 		 170 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240429  normal  0.143429 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1241  colicin V production protein  34.78 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.599135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1723  Colicin V production protein  33.33 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.558498  normal  0.0591031 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2065  CvpA family protein  33.33 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1606  colicin V production protein  32.91 
 
 		 161 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1966  colicin V production protein  28.57 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.530952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1482  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.842254 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2147  colicin V production protein  32.12 
 
 		 162 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.936952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1667  colicin V production protein  31.21 
 
 		 195 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34160  Colicin V production protein  30.97 
 
 		 170 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1494  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1398  colicin V production protein  29.2 
 
 		 162 aa  67  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0264  colicin V production protein  34.62 
 
 		 216 aa  67  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3799  colicin V production protein  32.12 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3812  cvpA family protein  32.21 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1620  Colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0904729  normal  0.930325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2833  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.021527 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  31.11 
 
 		 189 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1862  colicin V production protein  38.3 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.526442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2739  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2438  colicin V production protein  30.66 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2756  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2684  colicin V production protein  35.46 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3065  colicin V production protein  29.2 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  30.66 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1620  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  31.39 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  29.2 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  29.2 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  30.13 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0367  CvpA family protein  32.12 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.202665  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0917  colicin V production protein  29.75 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1470  colicin V production protein  31.39 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1489  colicin V production protein  30 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000231949  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2794  colicin V production protein  31.39 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1343  Colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0732005  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1339  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2607  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2469  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2464  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2691  colicin V production protein  29.93 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2605  colicin V production protein  29.2 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2551  colicin V production protein  29.2 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>