141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2292 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2292  colicin V production protein  100 
 
 		 238 aa  473  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2016  colicin V production protein  93.24 
 
 		 210 aa  380  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.535943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2283  colicin V production protein  76.19 
 
 		 213 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3788  putative colicin V production protein, cvpA-like (dedE protein) (Pur regulon 18 kDa protein)  76.3 
 
 		 208 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2996  colicin V production protein  79.23 
 
 		 210 aa  320  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3500  Colicin V production protein  77.88 
 
 		 211 aa  314  6e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2453  colicin V production protein  77.51 
 
 		 208 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  60.96 
 
 		 234 aa  227  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2310  colicin V production protein  53.51 
 
 		 191 aa  185  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.530108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1500  colicin V production protein  50.78 
 
 		 199 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0414  Colicin V production protein  51.06 
 
 		 204 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.728843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0728  colicin V production protein  50.51 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.980387  normal  0.959798 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  51.53 
 
 		 192 aa  178  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  56.21 
 
 		 192 aa  178  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0984  colicin V production protein  49.21 
 
 		 195 aa  178  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769176  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0561  colicin V production protein  53.55 
 
 		 191 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245346  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4301  Colicin V production protein  46.97 
 
 		 197 aa  159  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.678611  normal  0.0583187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3933  colicin V production protein  46.97 
 
 		 197 aa  158  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.838461  normal  0.0661094 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4408  Colicin V production protein  47 
 
 		 198 aa  155  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3895  colicin V production protein  48.35 
 
 		 202 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507461  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1188  Colicin V production protein  45.18 
 
 		 208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1043  Colicin V production protein  46.19 
 
 		 206 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  40.21 
 
 		 187 aa  137  2e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2598  colicin V production protein  43.22 
 
 		 198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.402841  normal  0.0450921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4630  Colicin V production protein  44.1 
 
 		 198 aa  135  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3486  colicin V production protein  43.67 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  35.22 
 
 		 236 aa  98.2  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  39.35 
 
 		 187 aa  94.7  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0488  CvpA protein  43.06 
 
 		 155 aa  91.3  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.888997  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1711  colicin V production protein  33.91 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0296079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3940  colicin V production protein  31.03 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1206  colicin V production protein  35.22 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  36.15 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1425  colicin V production protein  35.38 
 
 		 169 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0356  colicin V production protein  35.38 
 
 		 169 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1534  colicin V production protein  35.38 
 
 		 169 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.452834  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2130  putative colicin V production protein  33.71 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2794  colicin V production protein  33.85 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1470  colicin V production protein  33.08 
 
 		 166 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1373  colicin V production protein  34.62 
 
 		 163 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  29.14 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2503  colicin V production protein  25 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1785  colicin V production protein  30.86 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.170102 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  31.71 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2571  colicin V production protein  31.54 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1343  Colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0732005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2691  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02238  membrane protein required for colicin V production  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0917  colicin V production protein  33.56 
 
 		 166 aa  65.1  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02198  hypothetical protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2464  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2607  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1339  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2469  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2605  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2551  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2593  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.272788  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2505  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  35.59 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  28.98 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2714  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  31.01 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02505  colicin V production protein  29.49 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.785902  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  28.98 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3453  colicin V production protein  32.31 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  30.37 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  33.9 
 
 		 163 aa  62  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2862  colicin V production protein  30.77 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.488852  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  42.06 
 
 		 163 aa  62  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4093  colicin V production protein  30.57 
 
 		 189 aa  62  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.799722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1799  colicin V production protein  40.38 
 
 		 187 aa  61.2  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503822  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  25.99 
 
 		 177 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  30.37 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03096  hypothetical protein  33.85 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  31.06 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2152  colicin V production protein  33.12 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.925685  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  30.38 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  36.13 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3812  cvpA family protein  30.63 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0264  colicin V production protein  27.44 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002878  colicin V production protein  32.31 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1667  colicin V production protein  30.63 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  31.01 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1805  colicin V production protein  24.43 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1241  colicin V production protein  33.98 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.599135  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3065  colicin V production protein  35.59 
 
 		 162 aa  58.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  35.59 
 
 		 162 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1494  colicin V production protein  35.59 
 
 		 162 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  32.41 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1482  colicin V production protein  35.59 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.842254 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3799  colicin V production protein  32.31 
 
 		 160 aa  57  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34160  Colicin V production protein  28.83 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2455  putative colicin V production protein, dedE  31.03 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1118  colicin V production protein  31.03 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2438  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1620  Colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0904729  normal  0.930325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2739  colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2756  colicin V production protein  33.9 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0307  CvpA family protein  20.1 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.617948  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  31.54 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>