36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4000 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0261  chlorophyllide reductase, BchY subunit  71.69 
 
 		 502 aa  700    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2958  chlorophyllide reductase subunit Y  75.1 
 
 		 508 aa  728    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.124011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2053  chlorophyllide reductase subunit Y  76.24 
 
 		 513 aa  781    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0326514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1711  chlorophyllide reductase subunit Y  90.24 
 
 		 528 aa  961    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2853  chlorophyllide reductase subunit Y  74.33 
 
 		 508 aa  722    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.922563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3698  chlorophyllide reductase subunit Y  75.48 
 
 		 516 aa  703    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.465391  hitchhiker  0.00482074 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2817  chlorophyllide reductase subunit Y  73.98 
 
 		 509 aa  711    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0774355  normal  0.429495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2731  chlorophyllide reductase subunit Y  74.49 
 
 		 508 aa  721    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3518  bacteriachlorophyllide reductase iron protein subunit Y  70.67 
 
 		 534 aa  755    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.292352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6436  bacteriochlorophyllide reductase subunit  78.62 
 
 		 512 aa  766    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2035  chlorophyllide reductase subunit Y  71.89 
 
 		 500 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.201918  normal  0.260715 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1905  chlorophyllide reductase subunit Y  71.69 
 
 		 502 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3755  chlorophyllide reductase subunit Y  92.22 
 
 		 540 aa  1000    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652475 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1294  chlorophyllide reductase subunit Y  89.1 
 
 		 535 aa  939    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0178  chlorophyllide reductase subunit Y  71.01 
 
 		 521 aa  735    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4000  chlorophyllide reductase subunit Y  100 
 
 		 533 aa  1088    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.130756  hitchhiker  0.00873228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2979  chlorophyllide reductase subunit Y  76.18 
 
 		 468 aa  684    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.927182  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1609  chlorophyllide reductase subunit Y  69.67 
 
 		 455 aa  605  9.999999999999999e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3744  chlorophyllide reductase subunit Y  38.17 
 
 		 422 aa  286  5.999999999999999e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000125918 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3257  chlorophyllide reductase subunit Y  37.24 
 
 		 422 aa  270  5e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212884 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0324  chlorophyllide reductase subunit Y  34.06 
 
 		 412 aa  256  7e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0850  chlorophyllide reductase subunit Y  37.77 
 
 		 438 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.053677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2062  chlorophyllide reductase subunit Y  33.82 
 
 		 422 aa  254  3e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.730736  normal  0.0621767 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2075  chlorophyllide reductase subunit Y  34.87 
 
 		 412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.027568  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2035  chlorophyllide reductase subunit Y  34.47 
 
 		 412 aa  253  6e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0342  chlorophyllide reductase subunit Y  34.77 
 
 		 418 aa  252  1e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.680799  normal  0.193791 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2411  chlorophyllide reductase subunit Y  33.74 
 
 		 411 aa  251  3e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1863  chlorophyllide reductase subunit Y  32.69 
 
 		 415 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1910  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  22.51 
 
 		 415 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.902944  hitchhiker  0.00090668 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1536  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  23.32 
 
 		 414 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.120446  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3481  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  23.8 
 
 		 425 aa  50.4  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  24.63 
 
 		 468 aa  47.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2194  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  23.25 
 
 		 420 aa  47.4  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2373  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  24.02 
 
 		 466 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0215  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  23.66 
 
 		 420 aa  44.3  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0747  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  24.57 
 
 		 425 aa  44.3  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.957633  normal  0.357282 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>