46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2643 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2643  peptidase S14 ClpP  100 
 
 		 183 aa  383  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00556113  normal  0.503778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3267  Clp protease, putative  85.25 
 
 		 198 aa  336  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2493  peptidase S14, ClpP  84.7 
 
 		 183 aa  334  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2629  peptidase S14 ClpP  84.7 
 
 		 183 aa  332  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.358481 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3110  hypothetical protein  79.01 
 
 		 184 aa  303  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00654762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36350  hypothetical protein  77.35 
 
 		 184 aa  301  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0193577  normal  0.867285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2263  peptidase S14, ClpP  65.93 
 
 		 183 aa  255  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168754  normal  0.0339851 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02290  clp protease  69.72 
 
 		 142 aa  218  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3078  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.49 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6060  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.81 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0480  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28 
 
 		 202 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.931483  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2052  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  27.22 
 
 		 201 aa  52.4  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.913784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2790  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.93 
 
 		 202 aa  52  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25250  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  33.57 
 
 		 212 aa  51.2  0.000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0560465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0787  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.81 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28390  protease subunit of ATP-dependent protease  27.33 
 
 		 197 aa  48.1  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10817 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2151  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.21 
 
 		 200 aa  47.8  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1531  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  30.52 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.307133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0489  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.9 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.650112 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5206  Endopeptidase Clp  30.06 
 
 		 211 aa  45.8  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1292  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  27.59 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0505091 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01350  conserved hypothetical protein  30.3 
 
 		 260 aa  45.4  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00166627  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2588  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.74 
 
 		 218 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1568  Endopeptidase Clp  29.57 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.463332  normal  0.0340848 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5254  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.76 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0218  Endopeptidase Clp  31.21 
 
 		 204 aa  43.9  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.592899 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4258  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.29 
 
 		 240 aa  43.5  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.621412  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0908  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  27.43 
 
 		 209 aa  43.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2544  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  27.01 
 
 		 202 aa  43.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00389922 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1978  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.12 
 
 		 197 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3578  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.16 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3583  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.16 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.117643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2737  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  30.91 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3651  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.16 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422655  normal  0.394425 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1005  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.01 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0319  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  24.56 
 
 		 208 aa  42.7  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1336  peptidase S14, ClpP  24.24 
 
 		 234 aa  42.7  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00195664  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7405  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.67 
 
 		 209 aa  42  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0357539  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0917  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29 
 
 		 211 aa  42  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6583  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.67 
 
 		 208 aa  42  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0709  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  28.99 
 
 		 195 aa  41.6  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4515  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.4 
 
 		 202 aa  41.6  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010245  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4040  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  29.85 
 
 		 194 aa  41.2  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0563268  normal  0.405565 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1338  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  28.28 
 
 		 211 aa  41.2  0.008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114529  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0306  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  30.61 
 
 		 240 aa  41.2  0.008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000844592  normal  0.63492 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0691  Endopeptidase Clp  28.57 
 
 		 202 aa  41.2  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.238496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>