18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0116 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 144 aa  296  7e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  79.58 
 
 		 152 aa  238  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  61.27 
 
 		 153 aa  176  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  56.69 
 
 		 140 aa  152  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.08 
 
 		 140 aa  147  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.84 
 
 		 140 aa  143  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.58 
 
 		 140 aa  129  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.06 
 
 		 168 aa  122  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.44 
 
 		 149 aa  120  5e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.26 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.97 
 
 		 150 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.24 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  45.24 
 
 		 140 aa  113  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.72 
 
 		 154 aa  102  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  39.52 
 
 		 182 aa  85.5  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  30.33 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.48 
 
 		 189 aa  40.4  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.96 
 
 		 268 aa  40  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>