78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2479 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  100 
 
 		 175 aa  358  2e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  50.88 
 
 		 187 aa  174  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  33.92 
 
 		 176 aa  109  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  30.64 
 
 		 175 aa  107  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  30.11 
 
 		 178 aa  107  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.64 
 
 		 179 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.06 
 
 		 184 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.9 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.9 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  28.9 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.48 
 
 		 178 aa  104  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.9 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  30.46 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  28.9 
 
 		 178 aa  102  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.75 
 
 		 179 aa  101  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.74 
 
 		 180 aa  99  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  28.74 
 
 		 180 aa  98.6  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.01 
 
 		 183 aa  98.2  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.17 
 
 		 183 aa  97.8  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.01 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.01 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  28.49 
 
 		 175 aa  97.1  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.17 
 
 		 183 aa  95.1  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.99 
 
 		 186 aa  91.7  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.82 
 
 		 190 aa  90.9  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.82 
 
 		 190 aa  90.9  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  29.82 
 
 		 190 aa  90.9  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  29.82 
 
 		 190 aa  90.9  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.82 
 
 		 190 aa  90.9  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  29.82 
 
 		 190 aa  90.9  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.82 
 
 		 212 aa  90.9  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.82 
 
 		 212 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.82 
 
 		 212 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.41 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.41 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.41 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.41 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.41 
 
 		 190 aa  90.9  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  28.82 
 
 		 228 aa  88.6  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  29.82 
 
 		 204 aa  87  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  29.82 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.76 
 
 		 183 aa  85.9  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.24 
 
 		 183 aa  85.9  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.24 
 
 		 189 aa  84.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.95 
 
 		 177 aa  84.7  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.24 
 
 		 204 aa  84.7  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  29.24 
 
 		 204 aa  84.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.06 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  27.85 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  24.86 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  22.22 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  22.81 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  36.84 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  22.22 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  22.22 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.68 
 
 		 159 aa  51.6  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.26 
 
 		 172 aa  51.2  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.53 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0639  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.03 
 
 		 207 aa  49.7  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.7 
 
 		 186 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.7 
 
 		 186 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.7 
 
 		 186 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  23.7 
 
 		 186 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.7 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  23.7 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1378  hypothetical protein  30.68 
 
 		 93 aa  45.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000129759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3283  hypothetical protein  33.93 
 
 		 99 aa  45.4  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.91 
 
 		 183 aa  45.1  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  20 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1723  hypothetical protein  27.06 
 
 		 89 aa  43.9  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  22.86 
 
 		 185 aa  43.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1499  ACT domain-containing protein  31.43 
 
 		 90 aa  42.4  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0409  phosphoserine phosphatase SerB  36.76 
 
 		 438 aa  42  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2005  hypothetical protein  26.88 
 
 		 91 aa  42  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.388818 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  22.3 
 
 		 165 aa  42  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0587  hypothetical protein  25 
 
 		 90 aa  41.6  0.005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2075  ACT domain-containing protein  34.55 
 
 		 114 aa  41.6  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>