63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3428 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3428  cytochrome c-type biogenesis protein ccdA  100 
 
 		 222 aa  426  1e-118  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0739386  normal  0.0766183 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1052  hypothetical protein  73.18 
 
 		 222 aa  309  2e-83  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.482947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0551  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.76 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000556643  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1532  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.85 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.739338  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  31.31 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0989  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  30.62 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.23416  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.06 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18581  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  30.62 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.236803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1186  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.74 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1247  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.4 
 
 		 235 aa  52.8  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.965188  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0588  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.52 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2128  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.39 
 
 		 235 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0180  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane  28.49 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00413997  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2616  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.56 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.44 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.422779  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1830  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.87 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00101258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2214  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.11 
 
 		 244 aa  48.9  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2162  cytochrome c-type biogenesis protein  27.11 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20604  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0549  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.05 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000031904  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1840  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.27 
 
 		 249 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0584  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.05 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2317  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.52 
 
 		 235 aa  46.2  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000398052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3367  cytochrome c-type biogenesis protein (holocytochrome-c synthase)  28.76 
 
 		 235 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.260903  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16491  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  27.19 
 
 		 218 aa  46.2  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3348  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000571426  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3695  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3703  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3679  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3727  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.190517  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3417  cytochrome c-type biogenesis protein (holocytochrome-c synthase)  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.297726  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3455  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.88 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000813514  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  28.05 
 
 		 735 aa  45.8  0.0005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1548  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.49 
 
 		 235 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00245036  hitchhiker  0.0095954 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4996  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.85 
 
 		 253 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3768  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.49 
 
 		 235 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0366104  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1643  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.04 
 
 		 249 aa  45.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0649003  normal  0.267262 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1771  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.88 
 
 		 245 aa  45.8  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.05 
 
 		 228 aa  45.4  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1525  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.33 
 
 		 241 aa  45.4  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2546  membrane protein  25.71 
 
 		 230 aa  45.1  0.0008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2134  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.82 
 
 		 248 aa  45.1  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0478142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0151  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  22.79 
 
 		 228 aa  45.1  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3645  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.22 
 
 		 249 aa  44.3  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15781  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  30.9 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0899823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0628  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.35 
 
 		 243 aa  44.3  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.517911  decreased coverage  0.00174403 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  30.43 
 
 		 216 aa  44.3  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  25.56 
 
 		 750 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.67 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_54791  biogenesis protein  22.32 
 
 		 382 aa  43.5  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5557  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.47 
 
 		 286 aa  43.5  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16381  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  26.54 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0808  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.24 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4081  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.41 
 
 		 246 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4999  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.63 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1774  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.67 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.245304  normal  0.604488 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4120  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.41 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2966  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25 
 
 		 247 aa  42.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017508  normal  0.369863 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.85 
 
 		 250 aa  42.4  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4103  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.05 
 
 		 242 aa  42.4  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.91 
 
 		 242 aa  42.4  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.44 
 
 		 789 aa  42  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.76 
 
 		 227 aa  41.6  0.01  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2958  thiol:disulfide interchange protein, putative  26.19 
 
 		 228 aa  41.6  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>