More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0022 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510685  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.209747  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0030  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000541175  normal  0.0247209 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0045  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000307248  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0032  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000105255  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0046  tRNA-Val  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31806 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0011  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000637042  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0027  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000361499  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0168  tRNA-Val  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1227  tRNA-Val  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.411176  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0024  tRNA-Val  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1830  tRNA-Val  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.367633  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0004  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000770056 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0040  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000943403  normal  0.0843805 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1617  tRNA-Val  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.623903 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1582  tRNA-Val  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0455  tRNA-Val  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.13115 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0021  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.824854  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0003  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00193312  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0013  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000457589  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0057  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0288839  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0077  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000402465  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0085  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00934773  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0027  tRNA-Val  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309186  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.8123 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00375  tRNA-Val  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00250  tRNA-Val  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06828  tRNA-Val  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309068  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309144  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0213338  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0027  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00469  tRNA-Val  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309362  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309119  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.255702  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0045  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t49  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0063  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0011  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000197558  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>