More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0039 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 2958 bp  811    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 2958 bp  811    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0055  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 2954 bp  696    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0027  23S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 2933 bp  660    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.373876  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0002  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 2888 bp  813    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0040  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 3078 bp  1626    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0044  23S ribosomal RNA  89.28 
 
 		 3119 bp  2771    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000156713 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0071  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 2850 bp  696    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.764689  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0043  23S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 2993 bp  1047    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0006  23S ribosomal RNA  89.28 
 
 		 3119 bp  2771    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.13304  normal  0.0554387 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0011  23S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 2933 bp  660    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0011  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 2888 bp  813    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0005  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 2888 bp  813    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0070  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 2954 bp  696    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0099  23S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 2933 bp  660    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00331289  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0062  23S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 2932 bp  666    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0077  23S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 3094 bp  1437    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.366535  normal  0.0405336 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0118  23S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 2933 bp  660    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0031  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2850 bp  704    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0021  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3123 bp  1384    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0036  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2850 bp  704    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0054  23S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 2933 bp  660    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0059  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 3078 bp  1626    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0012  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 3079 bp  1626    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0061  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3123 bp  1384    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0024  23S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 2847 bp  839    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00320172  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0021  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2850 bp  704    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.335485  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0008  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 2888 bp  813    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0008  23S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 2847 bp  839    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237981  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0024  23S ribosomal RNA  94.29 
 
 		 3027 bp  1178    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0031  23S ribosomal RNA  89.28 
 
 		 3119 bp  2771    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61901  decreased coverage  0.0000132248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0029  23S ribosomal RNA  95.27 
 
 		 3109 bp  4966    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655069  decreased coverage  0.000196644 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0030  23S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 2933 bp  650    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0059  23S ribosomal RNA  83.48 
 
 		 2935 bp  668    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0023  23S ribosomal RNA  95.27 
 
 		 3109 bp  4966    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0060  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 2954 bp  696    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0016  23S ribosomal RNA  83.48 
 
 		 2933 bp  668    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0203947  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0024  23S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 3102 bp  1588    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.105103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0043  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 3102 bp  1596    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.595466  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0048  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 3102 bp  1596    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0066  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 3102 bp  1596    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 2956 bp  825    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 2956 bp  825    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 2983 bp  835    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 2983 bp  835    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0016  23S ribosomal RNA  95.31 
 
 		 3109 bp  4974    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.244086 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0004  23S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 2933 bp  660    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0038  23S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 3119 bp  1562    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0315307  normal  0.0121247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0064  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3123 bp  1384    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0016  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3124 bp  1384    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0141  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2907 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.030132  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14280  23S ribosomal RNA  91.32 
 
 		 3093 bp  1330    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0043021  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3105 bp  6155    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3105 bp  6155    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0023  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 3146 bp  1338    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.338933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0040  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 3163 bp  1338    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.806858  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0017  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3138 bp  1384    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.421867  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0022  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3138 bp  1384    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0030  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3138 bp  1384    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.207274  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0063  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3138 bp  1384    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0066  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3138 bp  1384    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0063  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 3078 bp  1626    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0022  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 2993 bp  1039    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.851566  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0035  23S ribosomal RNA  93.06 
 
 		 3116 bp  2117    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.192227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 2556 bp  811    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 2556 bp  811    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 2556 bp  811    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 2556 bp  811    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0033  23S ribosomal RNA  90.42 
 
 		 3128 bp  1495    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.17604  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0042  23S ribosomal RNA  90.42 
 
 		 3128 bp  1495    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0020  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 3146 bp  1338    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.975491  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0037  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 3163 bp  1338    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12038  normal  0.0152335 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0026  23S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 3154 bp  1203    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0041  23S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 3154 bp  1203    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0929172  normal  0.0265153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0020  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 3147 bp  1338    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268646  normal  0.128175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0037  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 3140 bp  1338    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0260428  decreased coverage  0.00255969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0024  23S ribosomal RNA  90.23 
 
 		 3160 bp  1187    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.462275  normal  0.147023 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0039  23S ribosomal RNA  90.23 
 
 		 3159 bp  1187    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.190986  normal  0.175722 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0006  23S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 3108 bp  2785    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244636  normal  0.640558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0032  23S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 3108 bp  2785    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.042272  normal  0.364879 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0042  23S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 3108 bp  2785    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.448799  decreased coverage  0.00833876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0018  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2984 bp  735    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.390452  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0045  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2984 bp  735    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14047  23S ribosomal RNA  88.81 
 
 		 3138 bp  1088    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000193754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03870  23S ribosomal RNA  91.22 
 
 		 3093 bp  1322    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.322045  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0035  23S ribosomal RNA  93.49 
 
 		 3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0052  23S ribosomal RNA  93.49 
 
 		 3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0059  23S ribosomal RNA  93.49 
 
 		 3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0062  23S ribosomal RNA  93.49 
 
 		 3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0004  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2908 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0011  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2907 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0016  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2907 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.921086  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0028  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2907 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0021  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 2954 bp  696    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0055  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2907 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.940507  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0060  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2908 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0063  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2908 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0066  23S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 2907 bp  688    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0028  23S ribosomal RNA  91.9 
 
 		 3123 bp  1384    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000019415 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0019  23S ribosomal RNA  91.72 
 
 		 3120 bp  1558    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.236447  normal  0.130623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>