More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0059 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 2958 bp  704    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 2958 bp  704    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07450  23S ribosomal RNA  90.94 
 
 		 3130 bp  1721    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0046  23S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 3125 bp  1205    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0442831  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0059  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3078 bp  6102    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0021  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3123 bp  1344    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0031  23S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 3119 bp  1653    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61901  decreased coverage  0.0000132248 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37130  23S ribosomal RNA  92.3 
 
 		 3113 bp  1633    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.756619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0002  23S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 2888 bp  910    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0029  23S ribosomal RNA  94.46 
 
 		 3109 bp  1614    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655069  decreased coverage  0.000196644 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13560  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 3074 bp  1376    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0214535  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0028  23S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 3131 bp  1742    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.286035  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0052  23S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 3132 bp  1536    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450843  decreased coverage  0.00133177 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04510  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 3074 bp  1376    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.705654  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0030  23S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 3125 bp  1205    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00123294  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21640  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 3074 bp  1376    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211567  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0023  23S ribosomal RNA  94.46 
 
 		 3109 bp  1614    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102273 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0008  23S ribosomal RNA  84.56 
 
 		 2847 bp  739    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237981  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0077  23S ribosomal RNA  89.22 
 
 		 3094 bp  1265    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.366535  normal  0.0405336 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22210  23S ribosomal RNA  92.46 
 
 		 3113 bp  1649    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790169  normal  0.277767 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07390  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 3086 bp  1475    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.170063  normal  0.154032 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0044  23S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 3119 bp  1653    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000156713 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0061  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3123 bp  1344    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0064  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3123 bp  1344    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0028  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3123 bp  1344    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000019415 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0014  23S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 3125 bp  1205    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14280  23S ribosomal RNA  91.59 
 
 		 3093 bp  1332    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0043021  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0022  23S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 2993 bp  902    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.851566  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0063  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 3078 bp  6078    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0016  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3124 bp  1344    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0006  23S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 3119 bp  1653    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.13304  normal  0.0554387 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0016  23S ribosomal RNA  94.46 
 
 		 3109 bp  1614    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.244086 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06920  23S ribosomal RNA  92.46 
 
 		 3113 bp  1649    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0012  23S ribosomal RNA  99.48 
 
 		 3079 bp  5969    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0020  23S ribosomal RNA  92.3 
 
 		 3104 bp  1386    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.44622 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0051  23S ribosomal RNA  88.83 
 
 		 3125 bp  1211    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00166158  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0040  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 3078 bp  6078    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0005  23S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 2888 bp  910    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0024  23S ribosomal RNA  84.56 
 
 		 2847 bp  739    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00320172  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25520  23S ribosomal RNA  90.94 
 
 		 3130 bp  1721    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0011  23S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 2888 bp  910    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0008  23S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 2888 bp  910    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05570  23S ribosomal RNA  90.94 
 
 		 3130 bp  1721    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0062  23S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 3147 bp  1701    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12350  23S ribosomal RNA  91.52 
 
 		 3086 bp  1483    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.102229  normal  0.0554684 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0024  23S ribosomal RNA  89.18 
 
 		 3102 bp  1273    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.105103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0043  23S ribosomal RNA  89.18 
 
 		 3102 bp  1273    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.595466  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0048  23S ribosomal RNA  89.18 
 
 		 3102 bp  1273    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0066  23S ribosomal RNA  89.18 
 
 		 3102 bp  1273    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  83.86 
 
 		 2956 bp  688    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  83.86 
 
 		 2956 bp  688    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 2983 bp  720    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2983 bp  735    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0043  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 2993 bp  910    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0034  23S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 3132 bp  1536    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0351192  normal  0.0184688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0038  23S ribosomal RNA  92.52 
 
 		 3119 bp  1600    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0315307  normal  0.0121247 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0043  23S ribosomal RNA  90.74 
 
 		 3131 bp  1742    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425431  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0033  23S ribosomal RNA  92.3 
 
 		 3104 bp  1386    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.597756  normal  0.430938 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03870  23S ribosomal RNA  91.68 
 
 		 3093 bp  1340    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.322045  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0067  23S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 3132 bp  1536    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.459802  decreased coverage  0.00789268 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0019  23S ribosomal RNA  92.44 
 
 		 3120 bp  1596    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.236447  normal  0.130623 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10560  23S ribosomal RNA  92.46 
 
 		 3113 bp  1649    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.491594  normal  0.443852 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0059  23S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 3147 bp  1701    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0024  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3027 bp  5340    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 3105 bp  1626    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 3105 bp  1626    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0023  23S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 3146 bp  1348    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.338933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0040  23S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 3163 bp  1348    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.806858  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0017  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3138 bp  1344    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.421867  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0022  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3138 bp  1344    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0030  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3138 bp  1344    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.207274  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0063  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3138 bp  1344    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0066  23S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 3138 bp  1344    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0045  23S ribosomal RNA  90.61 
 
 		 3088 bp  3162    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000567155  hitchhiker  0.00126487 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0048  23S ribosomal RNA  90.61 
 
 		 3088 bp  3162    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000200922  hitchhiker  0.000167099 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0035  23S ribosomal RNA  93.24 
 
 		 3116 bp  1509    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.192227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 2556 bp  720    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 2556 bp  720    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 2556 bp  720    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 2556 bp  720    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0033  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 		 3128 bp  1447    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.17604  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0042  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 		 3128 bp  1447    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0020  23S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 3146 bp  1348    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.975491  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0037  23S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 3163 bp  1348    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12038  normal  0.0152335 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0026  23S ribosomal RNA  91.6 
 
 		 3154 bp  1308    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0041  23S ribosomal RNA  91.6 
 
 		 3154 bp  1308    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0929172  normal  0.0265153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0020  23S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 3147 bp  1348    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268646  normal  0.128175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0037  23S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 3140 bp  1348    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0260428  decreased coverage  0.00255969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0024  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 		 3160 bp  1300    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.462275  normal  0.147023 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0039  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 		 3159 bp  1300    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.190986  normal  0.175722 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0006  23S ribosomal RNA  89.51 
 
 		 3108 bp  1655    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244636  normal  0.640558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0032  23S ribosomal RNA  89.51 
 
 		 3108 bp  1655    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.042272  normal  0.364879 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0042  23S ribosomal RNA  89.51 
 
 		 3108 bp  1655    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.448799  decreased coverage  0.00833876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0018  23S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 2984 bp  668    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.390452  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0045  23S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 2984 bp  668    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14047  23S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 3138 bp  1328    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000193754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0078  23S ribosomal RNA  92.3 
 
 		 3104 bp  1386    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0069  23S ribosomal RNA  92.3 
 
 		 3104 bp  1386    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0803597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0056  23S ribosomal RNA  92.3 
 
 		 3104 bp  1386    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.260476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0035  23S ribosomal RNA  92.68 
 
 		 3147 bp  1701    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>