More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0022 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  84 
 
 
2958 bp  682    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  84 
 
 
2958 bp  682    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se23SA  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 
2922 bp  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se23SB  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 
2922 bp  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0486187  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se23SC  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 
2922 bp  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se23SD  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 
2922 bp  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se23SE  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 
2922 bp  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se23SF  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 
2922 bp  650    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0030  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 
2933 bp  787    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0035  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 
3147 bp  793    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0043  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 
2993 bp  5917    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0004  23S ribosomal RNA  85.05 
 
 
2928 bp  753    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0045  23S ribosomal RNA  84.02 
 
 
3088 bp  825    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000567155  hitchhiker  0.00126487 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0063  23S ribosomal RNA  86.32 
 
 
3078 bp  902    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0019  23S ribosomal RNA  89.91 
 
 
3120 bp  656    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.236447  normal  0.130623 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0055  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3129 bp  775    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0639179  decreased coverage  0.00060371 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0052  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 
3147 bp  793    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0016  23S ribosomal RNA  85.55 
 
 
2933 bp  803    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0203947  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14280  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
3093 bp  690    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0043021  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0118  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 
2933 bp  795    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0004  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 
2933 bp  795    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0029  23S ribosomal RNA  87.06 
 
 
3109 bp  1055    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655069  decreased coverage  0.000196644 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25520  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 
3130 bp  684    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05570  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 
3130 bp  684    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0059  23S ribosomal RNA  86.32 
 
 
3078 bp  902    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21640  23S ribosomal RNA  84.02 
 
 
3074 bp  696    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211567  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0010  23S ribosomal RNA  84.95 
 
 
2927 bp  745    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0048  23S ribosomal RNA  84.02 
 
 
3088 bp  825    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000200922  hitchhiker  0.000167099 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0037  23S ribosomal RNA  84.95 
 
 
2927 bp  745    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13560  23S ribosomal RNA  84.02 
 
 
3074 bp  696    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0214535  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0077  23S ribosomal RNA  85.51 
 
 
3094 bp  731    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.366535  normal  0.0405336 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0016  23S ribosomal RNA  87.06 
 
 
3109 bp  1055    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.244086 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0028  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 
3122 bp  846    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0017  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3129 bp  775    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.78829 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0038  23S ribosomal RNA  89.91 
 
 
3119 bp  656    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0315307  normal  0.0121247 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0071  23S ribosomal RNA  83.64 
 
 
2912 bp  650    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.19372  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0004  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3129 bp  775    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0049  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 
3121 bp  846    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.835565  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0059  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 
2935 bp  787    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0054  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 
2933 bp  787    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0027  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 
2933 bp  795    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.373876  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0099  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 
2933 bp  795    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00331289  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0012  23S ribosomal RNA  86.32 
 
 
3079 bp  902    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03870  23S ribosomal RNA  84.37 
 
 
3093 bp  698    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.322045  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0062  23S ribosomal RNA  85.55 
 
 
2932 bp  803    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0011  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 
2933 bp  795    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0062  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 
3147 bp  793    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0034  23S ribosomal RNA  84.89 
 
 
3132 bp  936    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0351192  normal  0.0184688 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0022  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2993 bp  5933    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.851566  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0040  23S ribosomal RNA  86.32 
 
 
3078 bp  902    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0067  23S ribosomal RNA  84.89 
 
 
3132 bp  936    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.459802  decreased coverage  0.00789268 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07390  23S ribosomal RNA  85.63 
 
 
3086 bp  835    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.170063  normal  0.154032 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07450  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 
3130 bp  684    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0052  23S ribosomal RNA  84.89 
 
 
3132 bp  936    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450843  decreased coverage  0.00133177 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0006  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 
3121 bp  846    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0313545  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04510  23S ribosomal RNA  84.02 
 
 
3074 bp  696    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.705654  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12350  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 
3086 bp  842    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.102229  normal  0.0554684 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0024  23S ribosomal RNA  83.71 
 
 
3102 bp  807    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.105103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0043  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 
3102 bp  815    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.595466  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0048  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 
3102 bp  815    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0066  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 
3102 bp  815    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10560  23S ribosomal RNA  84.79 
 
 
3113 bp  888    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.491594  normal  0.443852 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22210  23S ribosomal RNA  84.79 
 
 
3113 bp  888    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790169  normal  0.277767 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  82.79 
 
 
2983 bp  644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 
2983 bp  650    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0043  23S ribosomal RNA  84.1 
 
 
3131 bp  839    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425431  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0023  23S ribosomal RNA  87.06 
 
 
3109 bp  1055    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102273 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0059  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 
3147 bp  793    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37130  23S ribosomal RNA  85.04 
 
 
3113 bp  902    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.756619  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0008  23S ribosomal RNA  84.19 
 
 
2847 bp  694    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237981  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0027  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
3129 bp  775    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.344785  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0113  23S ribosomal RNA  84.95 
 
 
2927 bp  745    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0028  23S ribosomal RNA  84.1 
 
 
3131 bp  839    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.286035  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0024  23S ribosomal RNA  85.05 
 
 
2927 bp  753    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0024  23S ribosomal RNA  84.19 
 
 
2847 bp  694    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00320172  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06920  23S ribosomal RNA  84.79 
 
 
3113 bp  888    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 
3105 bp  1039    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 
3105 bp  1039    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0023  23S ribosomal RNA  82.73 
 
 
3146 bp  706    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.338933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0040  23S ribosomal RNA  82.73 
 
 
3163 bp  706    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.806858  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0030  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 
3124 bp  674    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.249642 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0027  23S ribosomal RNA  85.15 
 
 
2927 bp  761    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14047  23S ribosomal RNA  82.48 
 
 
3138 bp  678    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000193754  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0018  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 
3125 bp  674    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0035  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 
3125 bp  674    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0035  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
3116 bp  977    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.192227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 
2556 bp  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 
2556 bp  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 
2556 bp  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 
2556 bp  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0066  23S ribosomal RNA  85.05 
 
 
2927 bp  753    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0070  23S ribosomal RNA  85.15 
 
 
2927 bp  761    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0020  23S ribosomal RNA  82.73 
 
 
3146 bp  706    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.975491  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0037  23S ribosomal RNA  82.73 
 
 
3163 bp  706    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12038  normal  0.0152335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0055  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 
3125 bp  674    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0180695  normal  0.232411 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0041  23S ribosomal RNA  82.34 
 
 
3154 bp  642    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0929172  normal  0.0265153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0020  23S ribosomal RNA  82.73 
 
 
3147 bp  706    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268646  normal  0.128175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0037  23S ribosomal RNA  82.73 
 
 
3140 bp  706    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0260428  decreased coverage  0.00255969 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0006  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
3108 bp  773    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244636  normal  0.640558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0032  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
3108 bp  773    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.042272  normal  0.364879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>