More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0032 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  84.71 
 
 
2958 bp  767    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  84.71 
 
 
2958 bp  767    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0036  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 
2850 bp  696    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0008  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 
2847 bp  775    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237981  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0055  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 
2954 bp  704    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0077  23S ribosomal RNA  89.42 
 
 
3094 bp  1503    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.366535  normal  0.0405336 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0006  23S ribosomal RNA  98.59 
 
 
3119 bp  5806    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.13304  normal  0.0554387 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0019  23S ribosomal RNA  90.54 
 
 
3120 bp  1487    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.236447  normal  0.130623 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0021  23S ribosomal RNA  88.41 
 
 
3123 bp  1330    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0016  23S ribosomal RNA  92.07 
 
 
3109 bp  1402    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.244086 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0069  23S ribosomal RNA  89.52 
 
 
3104 bp  1328    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0803597  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0024  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 
3027 bp  1178    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0060  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 
2954 bp  704    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0045  23S ribosomal RNA  90.3 
 
 
3088 bp  1641    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000567155  hitchhiker  0.00126487 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0005  23S ribosomal RNA  86.19 
 
 
2888 bp  886    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0024  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 
2847 bp  775    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00320172  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0059  23S ribosomal RNA  90.8 
 
 
3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0071  23S ribosomal RNA  83.72 
 
 
2850 bp  688    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.764689  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04510  23S ribosomal RNA  89.69 
 
 
3074 bp  1211    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.705654  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0038  23S ribosomal RNA  90.53 
 
 
3119 bp  1493    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0315307  normal  0.0121247 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0031  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 
2850 bp  696    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0067  23S ribosomal RNA  90.48 
 
 
3132 bp  1334    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.459802  decreased coverage  0.00789268 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0018  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 
2984 bp  799    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.390452  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03870  23S ribosomal RNA  89.25 
 
 
3093 bp  1356    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.322045  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21640  23S ribosomal RNA  89.6 
 
 
3074 bp  1213    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211567  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0078  23S ribosomal RNA  89.52 
 
 
3104 bp  1328    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0021  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 
2954 bp  704    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0059  23S ribosomal RNA  89.51 
 
 
3078 bp  1655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0012  23S ribosomal RNA  89.37 
 
 
3079 bp  1647    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0063  23S ribosomal RNA  89.51 
 
 
3078 bp  1655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0020  23S ribosomal RNA  89.52 
 
 
3104 bp  1328    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.44622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0031  23S ribosomal RNA  98.59 
 
 
3119 bp  5806    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61901  decreased coverage  0.0000132248 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0052  23S ribosomal RNA  90.8 
 
 
3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07450  23S ribosomal RNA  91.84 
 
 
3130 bp  1606    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0008  23S ribosomal RNA  84.78 
 
 
2888 bp  890    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0002  23S ribosomal RNA  84.78 
 
 
2888 bp  890    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05570  23S ribosomal RNA  91.84 
 
 
3130 bp  1606    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0023  23S ribosomal RNA  92.07 
 
 
3109 bp  1402    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102273 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0028  23S ribosomal RNA  88.41 
 
 
3123 bp  1330    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000019415 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0016  23S ribosomal RNA  88.41 
 
 
3124 bp  1330    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0021  23S ribosomal RNA  83.82 
 
 
2850 bp  696    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.335485  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0064  23S ribosomal RNA  88.41 
 
 
3123 bp  1330    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0033  23S ribosomal RNA  89.52 
 
 
3104 bp  1328    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.597756  normal  0.430938 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13560  23S ribosomal RNA  89.6 
 
 
3074 bp  1213    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0214535  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0061  23S ribosomal RNA  88.41 
 
 
3123 bp  1330    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0011  23S ribosomal RNA  86.19 
 
 
2888 bp  886    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0062  23S ribosomal RNA  90.8 
 
 
3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0056  23S ribosomal RNA  89.52 
 
 
3104 bp  1328    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.260476  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0040  23S ribosomal RNA  89.51 
 
 
3078 bp  1655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0024  23S ribosomal RNA  90.77 
 
 
3102 bp  1532    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.105103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0043  23S ribosomal RNA  90.85 
 
 
3102 bp  1540    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.595466  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0048  23S ribosomal RNA  90.85 
 
 
3102 bp  1540    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0066  23S ribosomal RNA  90.85 
 
 
3102 bp  1540    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 
2956 bp  660    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 
2956 bp  660    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  85 
 
 
2983 bp  791    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  85.1 
 
 
2983 bp  799    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0022  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
2993 bp  773    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.851566  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0043  23S ribosomal RNA  84.97 
 
 
2993 bp  781    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0034  23S ribosomal RNA  90.48 
 
 
3132 bp  1334    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0351192  normal  0.0184688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0032  23S ribosomal RNA  100 
 
 
3108 bp  6161    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.042272  normal  0.364879 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0070  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 
2954 bp  704    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14280  23S ribosomal RNA  89.17 
 
 
3093 bp  1348    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0043021  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0035  23S ribosomal RNA  90.8 
 
 
3147 bp  1530    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0014  23S ribosomal RNA  83.46 
 
 
2598 bp  642    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0052  23S ribosomal RNA  90.48 
 
 
3132 bp  1334    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450843  decreased coverage  0.00133177 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0044  23S ribosomal RNA  98.59 
 
 
3119 bp  5806    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000156713 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0042  23S ribosomal RNA  100 
 
 
3108 bp  6161    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.448799  decreased coverage  0.00833876 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0029  23S ribosomal RNA  92.07 
 
 
3109 bp  1402    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655069  decreased coverage  0.000196644 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14047  23S ribosomal RNA  87.36 
 
 
3138 bp  1219    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000193754  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0045  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 
2984 bp  799    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  89.39 
 
 
3105 bp  2785    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  89.39 
 
 
3105 bp  2785    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0023  23S ribosomal RNA  90.63 
 
 
3146 bp  1235    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.338933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0040  23S ribosomal RNA  90.63 
 
 
3163 bp  1235    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.806858  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0017  23S ribosomal RNA  88.33 
 
 
3138 bp  1322    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.421867  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0022  23S ribosomal RNA  88.33 
 
 
3138 bp  1322    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0030  23S ribosomal RNA  88.33 
 
 
3138 bp  1322    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.207274  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0063  23S ribosomal RNA  88.33 
 
 
3138 bp  1322    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0066  23S ribosomal RNA  88.33 
 
 
3138 bp  1322    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  83.75 
 
 
2811 bp  646    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  83.75 
 
 
2811 bp  646    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25520  23S ribosomal RNA  91.84 
 
 
3130 bp  1606    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07390  23S ribosomal RNA  89.14 
 
 
3086 bp  1439    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.170063  normal  0.154032 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12350  23S ribosomal RNA  89.21 
 
 
3086 bp  1447    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.102229  normal  0.0554684 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0035  23S ribosomal RNA  88.44 
 
 
3116 bp  1560    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.192227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 
2556 bp  743    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 
2556 bp  743    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 
2556 bp  743    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 
2556 bp  743    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0033  23S ribosomal RNA  89.58 
 
 
3128 bp  1465    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.17604  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0042  23S ribosomal RNA  89.58 
 
 
3128 bp  1465    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0020  23S ribosomal RNA  90.63 
 
 
3146 bp  1235    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.975491  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0037  23S ribosomal RNA  90.63 
 
 
3163 bp  1235    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12038  normal  0.0152335 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0026  23S ribosomal RNA  90.55 
 
 
3154 bp  1245    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0041  23S ribosomal RNA  90.55 
 
 
3154 bp  1245    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0929172  normal  0.0265153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0020  23S ribosomal RNA  90.63 
 
 
3147 bp  1235    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.268646  normal  0.128175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0037  23S ribosomal RNA  90.63 
 
 
3140 bp  1235    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0260428  decreased coverage  0.00255969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0024  23S ribosomal RNA  90.13 
 
 
3160 bp  1195    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.462275  normal  0.147023 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0039  23S ribosomal RNA  90.13 
 
 
3159 bp  1195    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.190986  normal  0.175722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>