205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0075 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 95 bp  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 95 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 95 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 94 bp  99.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  97.6  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  89.7  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  97.87 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  96 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  96 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  95.92 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  95.92 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0018  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0238889  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 89 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 89 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>