53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3166 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3166  periplasmic nitrate reductase NapD  100 
 
 		 100 aa  205  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3223  hypothetical protein  50 
 
 		 84 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.957908 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3516  periplasmic nitrate reductase chaperone NapD  39.47 
 
 		 89 aa  64.3  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.107593  hitchhiker  0.00119536 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4762  NapD  46.75 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4064  putative periplasmic nitrate reductase  42.86 
 
 		 109 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0373791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3205  NapD family protein  33.73 
 
 		 89 aa  60.5  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0366  putative periplasmic nitrate reductase NapD  35.06 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.99839  hitchhiker  0.000161286 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1020  NapD family protein  35.14 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3429  NapD family protein  36 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3317  NapD family protein  34.67 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000512  periplasmic nitrate reductase component NapD  33.33 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0705  NapD family protein  34.67 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0849  napD protein  34.67 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3956  NapD family protein  34.25 
 
 		 84 aa  52  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0156334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0624  NapD family protein  33.33 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4109  NapD family protein  31.17 
 
 		 83 aa  51.2  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2982  napD protein  31.33 
 
 		 89 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49230  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  27.03 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085279  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4204  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  27.03 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170838  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3147  NapD family protein  33.33 
 
 		 89 aa  50.4  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05378  NapD protein, subunit of nitrate reductase  33.33 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0951  NapD  34.25 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2437  NapD family protein  37.84 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2843  NapD family protein  37.84 
 
 		 114 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4010  periplasmic nitrate reductase subunit NapD  31.08 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1863  putative periplasmic nitrate reductase NapD  32.43 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0825  NapD family protein  32 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2980  NapD family protein  28.77 
 
 		 86 aa  47  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.060812 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3510  NapD family protein  32 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0860  NapD family protein  32 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0616  napD protein  27.85 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1912  NapD protein  27.71 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000235521  normal  0.427921 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0848  NapD family protein  32 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.395877 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1055  NapD family protein  35.44 
 
 		 89 aa  44.7  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2355  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1452  NapD family protein  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3344  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0668522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02093  hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0734  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1443  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3487  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2506  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2345  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02134  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  33.33 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2554  NapD family protein  31.25 
 
 		 85 aa  42.7  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2367  NapD protein  29.23 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1909  NapD family protein  26.58 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2384  NapD family protein  26.58 
 
 		 85 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497858  normal  0.195982 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1935  NapD family protein  26.58 
 
 		 85 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.129658  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1942  NapD family protein  26.58 
 
 		 85 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2175  nitrate reductase accessory periplasmic protein NapD  31.17 
 
 		 86 aa  40  0.009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.791582  normal  0.971887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2428  NapD family protein  25.32 
 
 		 85 aa  40  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148469  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2714  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  27.27 
 
 		 106 aa  40  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>