299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0010 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0010  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0102  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178571  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0032  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118314  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0021  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000531965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0091  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159232  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0043  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000783978  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0109  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000406559  normal  0.781689 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t079  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t081  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t091  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0047  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000558983  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0133  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.091812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t028  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00444384  normal  0.0406037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0020  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.963611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0030  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000136397  normal  0.27905 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0023  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00944199  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0032  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.272295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0139  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.457093  normal  0.0810294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0093  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136229  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0045  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673995  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0105  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000135806  normal  0.713625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t100  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000153181  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0102  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000613191  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0108  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000869293  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0111  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000403582  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0100  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000189649  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0085  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0384171  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0039  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000106148  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0051  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0053  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0124  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101919  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0052  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0054  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000483266  normal  0.743391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0124  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000733103  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0026  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0580747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0112  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0390211  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0020  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000569791  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0050  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00823452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0052  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00638125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0121  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000163841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0025  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0087  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0224782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0165  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.337836  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t030  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00416804  normal  0.0398749 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0047  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000150278  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0026  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.981393  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0016  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0017  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0071  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.762598  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  93.65 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0002  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0002  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>