More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3977 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  77.11 
 
 		 452 aa  707    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  77.11 
 
 		 452 aa  707    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  77.33 
 
 		 497 aa  712    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  77.78 
 
 		 452 aa  715    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  77.11 
 
 		 452 aa  707    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  93.65 
 
 		 425 aa  831    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  91.29 
 
 		 425 aa  794    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  93.41 
 
 		 425 aa  827    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  79.1 
 
 		 492 aa  713    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  98.82 
 
 		 425 aa  872    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  95.53 
 
 		 425 aa  845    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  77.11 
 
 		 452 aa  707    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  77.56 
 
 		 452 aa  714    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  95.53 
 
 		 425 aa  845    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  100 
 
 		 425 aa  879    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  95.53 
 
 		 425 aa  845    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  67.08 
 
 		 427 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.95 
 
 		 427 aa  561  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  66.25 
 
 		 429 aa  555  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5692  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.88 
 
 		 428 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0139384 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4612  cytochrome c, class I  56.62 
 
 		 428 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0237858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3756  cytochrome c, class I  56.62 
 
 		 428 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.15 
 
 		 426 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.8 
 
 		 474 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.69 
 
 		 469 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.13 
 
 		 466 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  48.67 
 
 		 501 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.74 
 
 		 432 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.38 
 
 		 426 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  45.02 
 
 		 432 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.76 
 
 		 422 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  46.96 
 
 		 430 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.82 
 
 		 434 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  44.34 
 
 		 432 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.34 
 
 		 432 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  44.34 
 
 		 432 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  46.06 
 
 		 433 aa  352  8e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  46.73 
 
 		 439 aa  352  8e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  45.54 
 
 		 447 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.25 
 
 		 441 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  45.97 
 
 		 434 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  45.97 
 
 		 434 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  45.31 
 
 		 447 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  46.27 
 
 		 450 aa  348  9e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.92 
 
 		 448 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  44.5 
 
 		 439 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.21 
 
 		 455 aa  346  5e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  44.87 
 
 		 439 aa  344  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  47.09 
 
 		 434 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.62 
 
 		 434 aa  342  7e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  45.5 
 
 		 477 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  46.12 
 
 		 466 aa  341  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.47 
 
 		 415 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  45.3 
 
 		 453 aa  339  7e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  43.92 
 
 		 450 aa  338  8e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.68 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  45.36 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  44.55 
 
 		 417 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  44.37 
 
 		 439 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.94 
 
 		 475 aa  333  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  44.21 
 
 		 415 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  44.94 
 
 		 475 aa  333  5e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  44.94 
 
 		 475 aa  333  5e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  44.32 
 
 		 417 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.29 
 
 		 426 aa  330  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.86 
 
 		 454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  44.69 
 
 		 470 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.1 
 
 		 448 aa  326  4.0000000000000003e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.78 
 
 		 467 aa  322  7e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.3 
 
 		 395 aa  320  3.9999999999999996e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  42.27 
 
 		 473 aa  319  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.7 
 
 		 451 aa  318  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.49 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.46 
 
 		 469 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.55 
 
 		 448 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.16 
 
 		 447 aa  317  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  42.86 
 
 		 650 aa  316  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  42.86 
 
 		 482 aa  315  7e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  42.17 
 
 		 476 aa  315  9e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  42.86 
 
 		 476 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.93 
 
 		 439 aa  313  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  43.19 
 
 		 447 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.98 
 
 		 440 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2490  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.71 
 
 		 432 aa  310  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  38.97 
 
 		 463 aa  309  5e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  42.61 
 
 		 527 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  42.61 
 
 		 527 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.43 
 
 		 537 aa  307  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4825  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.03 
 
 		 531 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42 
 
 		 436 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5380  cytochrome c, class I  42 
 
 		 436 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2986  cytochrome c, class I  42 
 
 		 436 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.53 
 
 		 451 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.91 
 
 		 433 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  41.69 
 
 		 728 aa  302  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5370  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.79 
 
 		 531 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.33 
 
 		 527 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5292  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.33 
 
 		 531 aa  300  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330766  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  40.35 
 
 		 438 aa  299  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  39.61 
 
 		 407 aa  299  7e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>