50 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Elen_0006  CDS  NC_013204  6356  8302  1947  DNA gyrase, B subunit  YP_003180390  unclonable  4.66462e-07  hitchhiker  9.32752e-07  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0207  CDS  NC_013204  287674  288189  516  Rhodanese domain protein  YP_003180590  unclonable  4.60889e-09  normal  0.712093  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0345  CDS  NC_013204  447911  448111  201  prevent-host-death family protein  YP_003180725  unclonable  3.20944e-09  normal  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0614  CDS  NC_013204  782023  783141  1119  hypothetical protein  YP_003180988  unclonable  4.06094e-08  normal  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0615  CDS  NC_013204  783411  784799  1389  transcriptional regulator, LuxR family  YP_003180989  unclonable  1.10739e-07  normal  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0669  CDS  NC_013204  846258  846923  666  hypothetical protein  YP_003181040  unclonable  9.96986e-09  hitchhiker  1.10062e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0721  CDS  NC_013204  907935  909671  1737  protein of unknown function DUF344  YP_003181089  unclonable  5.5361e-07  normal  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0722  CDS  NC_013204  909752  909868  117  hypothetical protein  YP_003181090  unclonable  1.92544e-09  normal  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_0943  CDS  NC_013204  1147528  1149225  1698  hypothetical protein  YP_003181304  unclonable  1.90881e-07  hitchhiker  0.00360431  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1050  CDS  NC_013204  1267027  1270488  3462  DNA polymerase III, alpha subunit  YP_003181410  unclonable  0.000216104  hitchhiker  0.00986832  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1053  CDS  NC_013204  1272306  1274255  1950  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  YP_003181413  unclonable  1.22454e-06  hitchhiker  0.00273706  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1097  CDS  NC_013204  1327668  1327946  279  hypothetical protein  YP_003181457  unclonable  1.45384e-09  hitchhiker  1.35193e-14  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1103  CDS  NC_013204  1334459  1335295  837  ribosomal protein S2  YP_003181463  unclonable  2.71524e-08  unclonable  9.34188e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1104  CDS  NC_013204  1335407  1336267  861  translation elongation factor Ts  YP_003181464  hitchhiker  5.32403e-07  unclonable  1.04314e-15  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1105  CDS  NC_013204  1336616  1337905  1290  UDP-N-acetylglucosamine1- carboxyvinyltransferase  YP_003181465  hitchhiker  0.00159762  unclonable  1.49564e-15  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1115  CDS  NC_013204  1344454  1345926  1473  pyruvate kinase  YP_003181474  unclonable  1.41137e-07  hitchhiker  5.41512e-14  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1116  CDS  NC_013204  1345995  1346900  906  Rhamnulose-1-phosphate aldolase  YP_003181475  unclonable  1.71192e-08  hitchhiker  4.94113e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1117  CDS  NC_013204  1347009  1347470  462  ribosomal protein L31  YP_003181476  unclonable  3.20944e-09  hitchhiker  2.56974e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1216  CDS  NC_013204  1457898  1458674  777  ABC transporter related  YP_003181575  unclonable  9.01825e-09  normal  0.0692557  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1232  CDS  NC_013204  1478852  1479265  414  protein of unknown function DUF454  YP_003181591  unclonable  5.74666e-09  normal  0.065274  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1245  CDS  NC_013204  1496413  1497387  975  glycosyl transferase family 2  YP_003181604  unclonable  2.19954e-08  normal  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1351  CDS  NC_013204  1618180  1618371  192  ribosomal protein L28  YP_003181709  unclonable  3.1136e-09  normal  0.416635  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1363  CDS  NC_013204  1628915  1630825  1911  ABC transporter related  YP_003181721  unclonable  6.76834e-07  normal  0.402453  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1364  CDS  NC_013204  1630966  1631145  180  ribosomal protein L32  YP_003181722  unclonable  1.36875e-09  normal  0.339824  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1378  CDS  NC_013204  1646403  1646648  246  ribosomal protein S16  YP_003181736  unclonable  1.72433e-09  normal  0.497883  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1379  CDS  NC_013204  1646654  1646908  255  KH domain protein  YP_003181737  unclonable  1.55975e-09  normal  0.609629  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1380  CDS  NC_013204  1646909  1647430  522  PRC-barrel domain protein  YP_003181738  unclonable  4.25186e-09  normal  0.828358  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1611  CDS  NC_013204  1908816  1909454  639  SOS-response transcriptional repressor, LexA  YP_003181968  decreased coverage  1.60494e-07  unclonable  3.1983e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1612  CDS  NC_013204  1909688  1910998  1311  GTP-binding proten HflX  YP_003181969  hitchhiker  2.11402e-05  unclonable  5.44053e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1613  CDS  NC_013204  1911192  1912172  981  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_003181970  hitchhiker  0.00176611  unclonable  4.27833e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1614  CDS  NC_013204  1912153  1913532  1380  RNA modification enzyme, MiaB family  YP_003181971  hitchhiker  0.00466996  unclonable  5.55218e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1624  CDS  NC_013204  1923324  1925852  2529  cell divisionFtsK/SpoIIIE  YP_003181981  unclonable  4.57082e-06  hitchhiker  1.17661e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1893  CDS  NC_013204  2223654  2224871  1218  methionine-R-sulfoxide reductase  YP_003182246  hitchhiker  0.00784315  unclonable  2.29788e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1894  CDS  NC_013204  2225010  2226353  1344  MATE efflux family protein  YP_003182247  unclonable  1.30161e-07  unclonable  2.59167e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_1895  CDS  NC_013204  2226487  2227269  783  transcriptional regulator, MerR family  YP_003182248  hitchhiker  1.98345e-05  unclonable  1.71834e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2012  CDS  NC_013204  2358651  2358902  252  ribosomal protein L27  YP_003182365  hitchhiker  4.41981e-08  unclonable  3.43128e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2013  CDS  NC_013204  2358921  2359337  417  ribosomal protein L21  YP_003182366  unclonable  2.81642e-09  unclonable  3.79334e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2014  CDS  NC_013204  2359599  2362226  2628  DNA polymerase I  YP_003182367  unclonable  6.3172e-06  unclonable  4.10772e-15  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2057  CDS  NC_013204  2421666  2423063  1398  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  YP_003182409  unclonable  1.15369e-07  normal  0.734292  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2058  CDS  NC_013204  2423174  2423914  741  zinc finger CDGSH-type domain protein  YP_003182410  unclonable  1.10219e-08  normal  0.493607  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2059  CDS  NC_013204  2424452  2425504  1053  beta-lactamase domain protein  YP_003182411  unclonable  2.71524e-08  normal  0.300872  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2086  CDS  NC_013204  2452980  2454101  1122  cell division protein FtsZ  YP_003182438  unclonable  2.0916e-08  unclonable  1.82517e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2114  CDS  NC_013204  2487987  2488562  576  transcriptional regulator, LuxR family  YP_003182466  unclonable  4.51621e-09  normal  0.459179  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2134  CDS  NC_013204  2509538  2510059  522  hypothetical protein  YP_003182486  unclonable  5.35646e-09  normal  0.960143  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2805  CDS  NC_013204  3254586  3255212  627  ribosomal protein S4  YP_003183141  unclonable  8.15748e-09  decreased coverage  5.63481e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2806  CDS  NC_013204  3255232  3255630  399  ribosomal protein S11  YP_003183142  unclonable  3.65846e-09  decreased coverage  4.90593e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_2807  CDS  NC_013204  3255642  3256010  369  ribosomal protein S13  YP_003183143  unclonable  3.34253e-09  hitchhiker  4.78637e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_3112  CDS  NC_013204  3619594  3622494  2901  DNA polymerase III, epsilon subunit  YP_003183443  unclonable  1.16759e-05  hitchhiker  6.48685e-10  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_R0040  tRNA  NC_013204  2424089  2424162  74  tRNA-Gln    unclonable  9.83405e-10  normal  0.398692  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Elen_R0041  tRNA  NC_013204  2424194  2424270  77  tRNA-Glu    unclonable  1.02386e-09  normal  0.397694  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>