50 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
SYO3AOP1_0046  CDS  NC_010730  55106  56395  1290  ammonium transporter  YP_001930249  unclonable  6.52471e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0084  CDS  NC_010730  93056  94294  1239  oxidoreductase molybdopterin binding  YP_001930286  unclonable  1.11038e-13  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0094  CDS  NC_010730  106981  107295  315  ribosomal protein S20  YP_001930295  unclonable  8.25858e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0095  CDS  NC_010730  107412  108614  1203  S-adenosylmethionine synthetase  YP_001930296  unclonable  5.89385e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0229  CDS  NC_010730  246479  247084  606  hypothetical protein  YP_001930428  unclonable  8.00565e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0230  CDS  NC_010730  247085  247648  564  acetolactate synthase, small subunit  YP_001930429  unclonable  8.09057e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0344  CDS  NC_010730  352765  353127  363  hypothetical protein  YP_001930543  unclonable  6.67584e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0358  CDS  NC_010730  373491  375542  2052  DNA topoisomerase I  YP_001930557  unclonable  3.01729e-12  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0367  CDS  NC_010730  384433  384639  207  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_001930565  unclonable  2.12569e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0368  CDS  NC_010730  384661  384867  207  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_001930566  unclonable  2.16983e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0369  CDS  NC_010730  385160  386125  966  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  YP_001930567  unclonable  1.817e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0409  CDS  NC_010730  425587  426540  954  Polyprenyl synthetase  YP_001930606  unclonable  1.64225e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0422  CDS  NC_010730  437165  438412  1248  cell division protein FtsA  YP_001930619  unclonable  2.03242e-13  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0423  CDS  NC_010730  438433  439578  1146  cell division protein FtsZ  YP_001930620  unclonable  1.06624e-13  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0429  CDS  NC_010730  442971  443771  801  cytochrome c assembly protein  YP_001930626  unclonable  1.0559e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0430  CDS  NC_010730  443768  444136  369  hypothetical protein  YP_001930627  unclonable  6.67584e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0431  CDS  NC_010730  444180  444503  324  cytochrome c class I  YP_001930628  unclonable  5.40538e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0445  CDS  NC_010730  459556  460023  468  nitrous-oxide reductase accessory protein NosL  YP_001930642  unclonable  4.29239e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0511  CDS  NC_010730  524223  524867  645  protein of unknown function DUF302  YP_001930705  unclonable  5.89231e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0577  CDS  NC_010730  591662  592546  885  30S ribosomal protein S2  YP_001930769  unclonable  8.45501e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0618  CDS  NC_010730  634265  636052  1788  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein  YP_001930809  unclonable  1.11345e-12  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0619  CDS  NC_010730  636256  637137  882  succinyl-CoA synthetase, alpha subunit  YP_001930810  unclonable  5.06874e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0642  CDS  NC_010730  662705  663577  873  Polyferredoxin-like protein  YP_001930832  unclonable  7.12923e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0747  CDS  NC_010730  776524  777831  1308  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_001930934  unclonable  1.26668e-13  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0763  CDS  NC_010730  796595  796885  291  50S ribosomal protein L21  YP_001930950  unclonable  9.31666e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0777  CDS  NC_010730  812438  813496  1059  Cytochrome-c peroxidase  YP_001930964  unclonable  3.25432e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0813  CDS  NC_010730  853135  853842  708  hypothetical protein  YP_001931000  unclonable  4.8673e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0828  CDS  NC_010730  867149  867871  723  NLP/P60 protein  YP_001931015  unclonable  8.98283e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0867  CDS  NC_010730  902047  902325  279  histone family protein DNA-binding protein  YP_001931049  unclonable  2.6253e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0884  CDS  NC_010730  917944  918315  372  NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 3  YP_001931066  unclonable  3.33925e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_0931  CDS  NC_010730  966832  967359  528  inorganic pyrophosphatase  YP_001931112  unclonable  1.75221e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1011  CDS  NC_010730  1047943  1048353  411  hypothetical protein  YP_001931184  unclonable  6.60577e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1012  CDS  NC_010730  1048433  1048897  465  fimbrial protein  YP_001931185  unclonable  7.8428e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1137  CDS  NC_010730  1187102  1188016  915  Lytic transglycosylase catalytic  YP_001931305  unclonable  1.72741e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1171  CDS  NC_010730  1219131  1220048  918  Rhodanese domain protein  YP_001931337  unclonable  9.63951e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1383  CDS  NC_010730  1421782  1424826  3045  acriflavin resistance protein  YP_001931544  unclonable  1.21579e-09  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1384  CDS  NC_010730  1425227  1426213  987  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_001931545  unclonable  1.49924e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1429  CDS  NC_010730  1469589  1471595  2007  PDZ/DHR/GLGF domain protein  YP_001931585  unclonable  4.79067e-12  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1453  CDS  NC_010730  1498067  1498573  507  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001931609  unclonable  1.11602e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1486  CDS  NC_010730  1533629  1535002  1374  Phosphoglucomutase  YP_001931642  unclonable  1.22855e-13  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1546  CDS  NC_010730  1589489  1589767  279  histone family protein DNA-binding protein  YP_001931698  unclonable  4.0402e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1606  CDS  NC_010730  1661638  1663728  2091  TonB-dependent receptor  YP_001931758  unclonable  8.72297e-12  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1713  CDS  NC_010730  1773045  1774283  1239  hypothetical protein  YP_001931865  unclonable  6.07675e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1729  CDS  NC_010730  1789602  1790054  453  50S ribosomal protein L13  YP_001931880  unclonable  4.4906e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1730  CDS  NC_010730  1790069  1790497  429  30S ribosomal protein S9  YP_001931881  unclonable  2.61544e-15  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_1731  CDS  NC_010730  1790506  1791528  1023  N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase  YP_001931882  unclonable  4.18565e-14  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_R0035  tRNA  NC_010730  966534  966610  77  tRNA-Met    unclonable  1.84698e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_R0036  tRNA  NC_010730  966617  966690  74  tRNA-Arg    unclonable  1.49468e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_R0037  tRNA  NC_010730  966715  966790  76  tRNA-Pro    unclonable  1.47899e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
SYO3AOP1_R0038  tRNA  NC_010730  967399  967471  73  tRNA-Asn    unclonable  1.63633e-16  n/a    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>