More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0537 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  270  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  72.22 
 
 		 131 aa  191  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 132 aa  187  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 132 aa  187  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  69.84 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  69.84 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 130 aa  178  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 140 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 128 aa  177  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  60.32 
 
 		 129 aa  163  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  59.52 
 
 		 129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  57.94 
 
 		 136 aa  162  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 137 aa  160  7e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.94 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.79 
 
 		 135 aa  149  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  56.69 
 
 		 132 aa  146  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 136 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  55.91 
 
 		 133 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 136 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 136 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 159 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 132 aa  144  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  55.91 
 
 		 132 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 139 aa  142  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 149 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 143 aa  141  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  53.91 
 
 		 147 aa  140  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  54.76 
 
 		 132 aa  140  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  53.08 
 
 		 132 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 137 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  54.76 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  50.76 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  50.79 
 
 		 151 aa  137  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 138 aa  135  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  51.91 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  51.59 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 139 aa  134  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 149 aa  134  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 134 aa  134  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 134 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 147 aa  133  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 141 aa  133  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  49.61 
 
 		 152 aa  133  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.61 
 
 		 134 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.69 
 
 		 142 aa  132  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  49.61 
 
 		 155 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 134 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 134 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 182 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 134 aa  131  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  48.03 
 
 		 134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 129 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  49.64 
 
 		 142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 129 aa  131  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  53.17 
 
 		 132 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 129 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 163 aa  131  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 149 aa  131  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  45.04 
 
 		 169 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 143 aa  130  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 143 aa  130  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 166 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.61 
 
 		 134 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 144 aa  130  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 149 aa  130  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.61 
 
 		 134 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 129 aa  130  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 171 aa  130  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.61 
 
 		 149 aa  130  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  45.67 
 
 		 137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.82 
 
 		 144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  47.2 
 
 		 167 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  48.12 
 
 		 140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 155 aa  128  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 154 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  50.39 
 
 		 142 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.85 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.85 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.85 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.85 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  47.73 
 
 		 142 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.85 
 
 		 154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 133 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  50.78 
 
 		 138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.48 
 
 		 154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 157 aa  125  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 159 aa  125  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 142 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 133 aa  123  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 126 aa  123  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.88 
 
 		 138 aa  121  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.88 
 
 		 138 aa  121  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.88 
 
 		 138 aa  121  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>