159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0059 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0059  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.778422  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0061  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.213115  normal  0.210612 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0009  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0082  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0059  tRNA-Asp  93.42 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0054  tRNA-Asp  93.42 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0057  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0671141  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0052  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0045  tRNA-Asp  92 
 
 		 75 bp  93.7  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  91.53 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0062  tRNA-Asp  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0749311  normal  0.108854 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0053  tRNA-Asp  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25090  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.657176  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0076  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1179  tRNA-Asp  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.015483  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0034  tRNA-Asp  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0915271  hitchhiker  0.000000414345 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.389049  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0603  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508716  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna39  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna40  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0065  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.109951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0026  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0397308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0028  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0003  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.106798  normal  0.35233 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0037  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.897557 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0724016  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>