More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0059 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  98.46 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  97.06 
 
 		 74 bp  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  96.92 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  96.92 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0026  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0397308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0028  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna39  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna40  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0603  tRNA-Asp  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508716  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1589  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.153421  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t020  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000245604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000144373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0021  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.76663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t054  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0094  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0082  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000108643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0004  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.132491 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000256523  hitchhiker  0.000000993702 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0125  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000018032  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0137  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.56493 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0005  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.128453  unclonable  0.0000112956 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0083  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000419566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0024  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000026907  hitchhiker  0.00767496 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0026  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326612  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0060  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580753  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t083  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130916  hitchhiker  0.0000727647 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0052  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000027017  normal  0.232188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0004  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.712007  hitchhiker  0.000000679169 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0019  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000111576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>