More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0033 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  98.15 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  98.15 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0028  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_004310  BR1335  hypothetical protein  100 
 
 		 207 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>