More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1608 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1608  ribosomal protein L28  100 
 
 		 62 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0722  50S ribosomal protein L28  88.33 
 
 		 63 aa  114  5e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1489  50S ribosomal protein L28  91.67 
 
 		 64 aa  112  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0500  50S ribosomal protein L28  90 
 
 		 64 aa  112  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.146333  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0475  50S ribosomal protein L28  90 
 
 		 64 aa  112  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1345  50S ribosomal protein L28  85 
 
 		 63 aa  112  3e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.222058  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1029  50S ribosomal protein L28  83.61 
 
 		 64 aa  110  5e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.605821  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0971  50S ribosomal protein L28  83.61 
 
 		 63 aa  110  5e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.560189  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1602  50S ribosomal protein L28  73.77 
 
 		 62 aa  97.8  5e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0770  ribosomal protein L28  68.33 
 
 		 63 aa  89  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3214  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  80.9  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1282  50S ribosomal protein L28  60.32 
 
 		 77 aa  80.1  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.397873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0671  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 96 aa  78.2  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0158059  normal  0.225806 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2589  50S ribosomal protein L28  60.32 
 
 		 78 aa  77.8  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.155889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  77.4  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  77  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0753  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  77  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.542713 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1117  50S ribosomal protein L28  60.32 
 
 		 77 aa  76.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2433  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102764  normal  0.494456 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  76.3  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  60.32 
 
 		 78 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3802  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0072  ribosomal protein L28  54.39 
 
 		 66 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2515  50S ribosomal protein L28  61.02 
 
 		 73 aa  75.5  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3149  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.65679 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3180  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 77 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2583  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 95 aa  74.7  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.273266  hitchhiker  0.000206552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 78 aa  74.3  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1137  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2420  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.127484  hitchhiker  0.000900978 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 163 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 163 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  72  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  72  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1734  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 77 aa  72  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.111139  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3143  50S ribosomal protein L28  55.56 
 
 		 77 aa  72  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00769008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1410  ribosomal protein L28  56.14 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0726  50S ribosomal protein L28  54.69 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140106  normal  0.323515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2016  50S ribosomal protein L28  54.69 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.42169  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  55.56 
 
 		 78 aa  69.7  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0021  ribosomal protein L28  55.56 
 
 		 78 aa  70.1  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2139  ribosomal protein L28  55.56 
 
 		 78 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.476497  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3424  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0875436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3074  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 98 aa  69.7  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3114  50S ribosomal protein L28  54.69 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.878513  hitchhiker  0.00268781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 77 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 77 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 77 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1452  50S ribosomal protein L28  55.56 
 
 		 77 aa  69.3  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.843962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  68.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3567  ribosomal protein L28  55.56 
 
 		 79 aa  68.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_004310  BR2015  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 97 aa  67.8  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.375117  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0918  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.904068  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  49.21 
 
 		 78 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4128  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.499377  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6556  ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 79 aa  67.8  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3302  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.592148  normal  0.0516815 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2750  50S ribosomal protein L28  54.69 
 
 		 97 aa  67.8  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  49.21 
 
 		 78 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3879  50S ribosomal protein L28  55.38 
 
 		 98 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0687874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3586  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 99 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18615 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0601  50S ribosomal protein L28  49.21 
 
 		 72 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.201453  normal  0.0263054 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2556  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.646246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  66.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0693  50S ribosomal protein L28  49.15 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1706  ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.298702  normal  0.0538671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0222  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2705  50S ribosomal protein L28  55.93 
 
 		 73 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.148445  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2611  50S ribosomal protein L28  55.93 
 
 		 73 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.214698  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2290  50S ribosomal protein L28P  53.97 
 
 		 94 aa  65.9  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.798347 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3274  ribosomal protein L28  52.63 
 
 		 64 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0370278  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>