184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0008 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0031  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.271657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0032  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.598279  normal  0.0388525 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0056  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0030  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000875234  hitchhiker  0.000341426 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  93.62 
 
 		 141 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6019  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00348951  normal  0.207777 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0041  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0701067  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0034  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.849322  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  87.1 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0023  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185917  normal  0.670849 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0006  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0005  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4319  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.663542  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.299902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>