121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3615 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3615  ribonuclease P protein component  100 
 
 
385 aa  779  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3462  ribonuclease P protein component  77.1 
 
 
166 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0165621  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3460  ribonuclease P protein component  64.44 
 
 
140 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3759  ribonuclease P protein component  65.83 
 
 
140 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0002  ribonuclease P protein component  65.14 
 
 
131 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.699533  normal  0.546638 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3988  ribonuclease P protein component  49.69 
 
 
161 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  57.03 
 
 
169 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  4.56921e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4464  ribonuclease P  56.06 
 
 
139 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0853749 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3237  ribonuclease P protein component  51.06 
 
 
155 aa  132  1e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.254569  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0302  ribonuclease P protein component  52.45 
 
 
155 aa  131  2e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0105  ribonuclease P protein component  57.85 
 
 
136 aa  128  2e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2846  ribonuclease P protein component  57.02 
 
 
136 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.752825  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0091  ribonuclease P protein component  57.02 
 
 
136 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3183  ribonuclease P protein component  54.2 
 
 
153 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.204926 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2239  ribonuclease P protein component  57.02 
 
 
136 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3399  ribonuclease P protein component  57.02 
 
 
136 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.234907  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3552  ribonuclease P protein component  57.02 
 
 
136 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  54.96 
 
 
153 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6522  ribonuclease P protein  53.44 
 
 
153 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2551  ribonuclease P protein component  54.2 
 
 
153 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3165  ribonuclease P protein component  54.2 
 
 
153 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46639  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3156  ribonuclease P protein component  56.8 
 
 
153 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  1.28302e-05 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  47.62 
 
 
127 aa  89.7  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2333  ribonuclease P protein component  47.12 
 
 
120 aa  85.5  1e-15  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  48.91 
 
 
123 aa  77.4  4e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3101  ribonuclease P protein component  46.74 
 
 
101 aa  73.9  4e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0709516 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  38.55 
 
 
123 aa  64.7  3e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  33.9 
 
 
130 aa  62.8  1e-08  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.02633e-08  hitchhiker  7.53131e-08 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  34.29 
 
 
162 aa  61.6  2e-08  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  36.47 
 
 
120 aa  61.2  3e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  40.48 
 
 
135 aa  59.7  9e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  40.48 
 
 
135 aa  59.3  1e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  30.3 
 
 
132 aa  58.5  2e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.75876e-05  hitchhiker  1.29187e-09 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  35.56 
 
 
123 aa  58.5  2e-07  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  41.43 
 
 
114 aa  58.9  2e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  41.43 
 
 
114 aa  58.9  2e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  32.97 
 
 
123 aa  58.9  2e-07  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  42.27 
 
 
130 aa  57.8  3e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  35.29 
 
 
128 aa  56.6  6e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  33.33 
 
 
119 aa  56.2  9e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  55.8  1e-06  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  32.18 
 
 
118 aa  54.3  4e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3827  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
135 aa  53.9  4e-06  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  34.15 
 
 
115 aa  54.3  4e-06  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  38.16 
 
 
113 aa  53.5  6e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  31.03 
 
 
120 aa  53.1  8e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  31.03 
 
 
118 aa  53.1  8e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  38.55 
 
 
119 aa  52.8  1e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  29.89 
 
 
120 aa  52.8  1e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  52.4  1e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  29.41 
 
 
119 aa  51.6  2e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  33.91 
 
 
116 aa  51.6  2e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  35.71 
 
 
134 aa  51.6  2e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  34.12 
 
 
117 aa  51.6  2e-05  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  32.58 
 
 
118 aa  51.6  2e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52.4  2e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  41.38 
 
 
86 aa  51.6  2e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  29.89 
 
 
118 aa  52  2e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  51.6  3e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  51.6  3e-05  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  51.6  3e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  51.2  3e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  38.57 
 
 
119 aa  51.2  3e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  51.6  3e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.96678e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  37.35 
 
 
119 aa  51.6  3e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  51.6  3e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.73614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  40 
 
 
117 aa  50.8  4e-05  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  31.68 
 
 
128 aa  50.8  4e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  35.71 
 
 
134 aa  50.8  4e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  35.71 
 
 
134 aa  50.8  4e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  35.71 
 
 
133 aa  50.4  5e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 
133 aa  50.4  6e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  50.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  33.33 
 
 
118 aa  50.1  7e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  50.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.99062e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  50.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  50.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  37.35 
 
 
119 aa  50.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  34.48 
 
 
117 aa  49.7  8e-05  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.71159e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  34.48 
 
 
118 aa  49.7  9e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  35.71 
 
 
133 aa  49.7  9e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  39.08 
 
 
132 aa  49.7  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  36.14 
 
 
119 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
120 aa  49.7  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  36.47 
 
 
134 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  36.9 
 
 
130 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  45.76 
 
 
99 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  31.78 
 
 
129 aa  48.1  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  2.99838e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  34.94 
 
 
119 aa  47.8  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0604  ribonuclease P protein component  31 
 
 
118 aa  47.8  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00426381  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  40 
 
 
121 aa  47.8  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  31.76 
 
 
116 aa  47.4  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.75953e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  31.03 
 
 
120 aa  46.6  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>