22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00762 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00762  putative signal peptide protein  100 
 
 		 144 aa  296  9e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.44153  normal  0.410048 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3699  putative signal peptide protein  63.89 
 
 		 144 aa  193  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.356109 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4776  conserved hypothetical signal peptide protein  63.89 
 
 		 144 aa  193  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3613  putative signal peptide protein  41.79 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4088  putative signal peptide protein  42.54 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.360303  normal  0.930928 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0705  putative signal peptide protein  42.55 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0942  hypothetical protein  38.73 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00804461  normal  0.623642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3049  conserved hypothetical signal peptide protein  39.55 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0304296  normal  0.277208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4777  putative excinuclease, ATPase subunit  31.91 
 
 		 144 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.886024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3700  putative excinuclease, ATPase subunit  31.91 
 
 		 144 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.351228 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0706  putative excinuclease, ATPase subunit  30.71 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0943  putative excinuclease, ATPase subunit  31.47 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0370143  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1485  excinuclease ATPase-like protein  31.72 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1774  excinuclease ATPase subunit  27.21 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3048  putative excinuclease, ATPase subunit  28.67 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0407127  normal  0.286707 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3614  excinuclease ATPase subunit  30.23 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4089  excinuclease ATPase subunit  29.46 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  0.916091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2545  excinuclease ATPase subunit  26.61 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.378933  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3872  excinuclease ATPase subunit  27.2 
 
 		 150 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.306665 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1161  excinuclease ATPase subunit  24.29 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000979221  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2170  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  24.43 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.81181  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3907  hypothetical protein  22.77 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616252  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>