46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2610 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 47 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 47 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  95.74 
 
 		 47 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  88.1 
 
 		 51 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  92.68 
 
 		 51 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  92.68 
 
 		 51 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  92.68 
 
 		 51 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  92.68 
 
 		 51 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  87.8 
 
 		 51 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  90.24 
 
 		 51 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  90.24 
 
 		 51 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  92.5 
 
 		 51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  92.5 
 
 		 51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  92.5 
 
 		 51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  90 
 
 		 51 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  87.5 
 
 		 51 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  87.5 
 
 		 51 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  87.8 
 
 		 51 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  85.37 
 
 		 51 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  75.61 
 
 		 52 aa  70.5  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  62.5 
 
 		 51 aa  60.1  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  62.5 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  60 
 
 		 51 aa  58.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3037  antenna complex, alpha/beta subunit  57.5 
 
 		 51 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0981  antenna complex, alpha/beta subunit  57.5 
 
 		 51 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1958  antenna complex, alpha/beta subunit  57.5 
 
 		 51 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0314  LHII beta, light-harvesting B800/850 protein  57.5 
 
 		 51 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0208  antenna complex, alpha/beta subunit  55 
 
 		 51 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1556  light-harvesting complex, beta subunit  55 
 
 		 51 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234529  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 60 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 49 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  47.73 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  42.86 
 
 		 49 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  38.78 
 
 		 49 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  37.78 
 
 		 60 aa  43.9  0.0007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2056  antenna complex alpha/beta subunit  42.22 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0173941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3752  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 70 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348717  hitchhiker  0.00126234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1714  antenna complex alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 65 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1297  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.724705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3997  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 65 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35271  normal  0.0140077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  45.24 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2814  antenna complex alpha/beta subunit  40.91 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474258  normal  0.461077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2734  antenna complex alpha/beta subunit  40.91 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2961  antenna complex alpha/beta subunit  40.91 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.403153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2856  antenna complex alpha/beta subunit  40.91 
 
 		 76 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>